Die Betriebsaufspaltung endet, wenn die sachlichen oder personellen Voraussetzungen hierfür entfallen. Ein solches Ende kann beabsichtigt sein, wenn das Besitzunternehmen veräußert wird oder wenn die Betriebsgesellschaft ihre gewerbliche Tätigkeit einstellt. Wird eine Betriebsaufspaltung aufgrund der Auflösung der sachlichen oder personellen Verflechtung beendet, ob gewollt oder ungewollt, führt dies zu einer Betriebsaufgabe i. S. d. § 16 Abs. 3 EStG verbunden mit einer Realisierung der stillen Reserven. Liegen die Voraussetzungen für eine Betriebsaufspaltung nicht mehr vor, hat das Besitzunternehmen keinen Gewerbebetrieb mehr; es bezieht fortan Einkünfte aus Vermietung und Verpachtung sowie aus Kapitalvermögen.
Folge ist, dass die im Betriebsvermögen des Besitzunternehmens enthaltenen stillen Reserven gewinnerhöhend aufzulösen sind. Das gilt auch für die stillen Reserven, die in den zum Betriebsvermögen gehörenden Anteilen an der Betriebs-GmbH enthalten sind, die nach Wegfall der Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung zwangsläufig aus dem notwendigen Betriebsvermögen des Besitzunternehmens ausscheiden und Privatvermögen werden. Die in den GmbH-Anteilen enthaltenen stillen Reserven unterliegen vorrangig dem Teileinkünfteverfahren und können daher nach § 34 Abs. 2 Nr. 1 EStG nicht ermäßigt besteuert werden. Werden GmbH-Anteile nach Wegfall der Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung zwangsläufig Privatvermögen, ist die spätere Übertragung der Gesellschaftsanteile nach § 17 EStG zu beurteilen.
Oft tritt die Beendigung der Betriebsaufspaltung unwillentlich ein. So können z. B. die Voraussetzungen der personellen Verflechtung dadurch entfallen, dass die bisher vorhandene Beherrschungsidentität verloren geht, z. B. durch Erbfall oder Übertragung nur der Anteile an der Betriebs-GmbH im Wege der vorweggenommenen Erbfolge. Die personelle Verflechtung endet auch, wenn über das Vermögen der Betriebs-GmbH das Insolvenzverfahren eröffnet wird.
Keine Beendigung der Betriebsaufspaltung durch Grundstücksübertragung unter Nießbrauchsvorbehalt
Eine Betriebsaufspaltung wird nicht dadurch beendet, dass die Gesellschafter des Besitzunternehmens das der Betriebsgesellschaft zur Nutzung überlassene Grundstück unter Nießbrauchsvorbehalt ihren Kindern schenken. Die Schenkung des Grundstücks unter Nießbrauchsvorbehalt führt jedoch zu einer Entnahme des Grundstücks, die nicht steuerbegünstigt ist, da keine Betriebsaufgabe des Besitzunternehmens vorliegt. Die Betriebsaufspaltung bleibt erhalten, da die Betriebs-GmbH wegen der fortbestehenden Mietverträge die Immobilie weiterhin als wesentliche Betriebsgrundlage nutzt. Diese Betrachtung hat zur Folge, dass die Geschäftsanteile an der Betriebs-GmbH weiterhin Betriebsvermögen bleiben.
Unentgeltliche Übertragung eines Besitzeinzelunternehmens sowie der Anteile an der Betriebs-GmbH unter Nießbrauchsvorbehalt
Andererseits hat der BFH die unentgeltliche Übertragung eines Besitzeinzelunternehmens (hauptsächlich aus dem Betriebsgrundstück bestehend) sowie der Anteile an der Betriebs-GmbH unter Nießbrauchsvorbehalt auf den Sohn als gewinnrealisierende Beendigung der Betriebsaufspaltung (Betriebsaufgabe) beurteilt. Dem vermögensübertragenden Vater sei in diesem Fall als Nießbraucher die Willensbildung für die Fortführung des Besitzeinzelunternehmens verblieben, während sie für die Betriebs-GmbH auf den Sohn als Gesellschafter übergegangen sei. Der BFH entnimmt der Rechtsprechung des BGH, dass die Stimmrechte ungeachtet der Nießbrauchbestellung allein dem GmbH-Gesellschafter zustehe.
Das Urteil hat in der Literatur Kritik erfahren. Der X. BFH-Senat habe nicht erkannt, dass es sich bei dem vorliegenden Sachverhalt um eine Einheits-Betriebsaufspaltung gehandelt habe und dass nur ein Nießbrauchsrecht, nämlich am Besitzunternehmen, bestellt wurde, das sich auch auf die GmbH-Anteile bezog.