Natürlich gibt es auch Aspekte, die Excel problematisch machen und unter Umständen sogar gegen dessen Anwendung sprechen.
3.1 Vernachlässigung von Strukturen begünstigt Wildwuchs
Da man sofort loslegen kann, machen sich viele Anwender im Vorfeld kaum Gedanken über gewünschte oder benötigte Strukturen. Es wird einfach "drauflos" konzipiert und am Ende fehlen Strukturen oder wichtige Dinge werden schlicht vergessen. Dann wird häufig kontinuierlich ergänzt und "nachgebessert", mit der Folge, dass man sich am Ende in einem Gewirr von Arbeitsmappen und Formeln befindet, das selbst diejenigen nicht mehr verstehen, die die Lösung initiiert haben. Und für jede Fragestellung wird häufig eine neue Datei erstellt. Damit gibt es im Laufe der Zeit eine Fülle von nebeneinander existierenden Dokumenten, in denen häufig gleiche oder zumindest ähnliche Inhalte behandelt werden. Und niemand hat mehr den Überblick über alle Anwendungen und Themen, die mit ihnen behandelt werden. Das führt zu unnötigen Doppelarbeiten, Unklarheiten bezüglich der gültigen Datei oder Version (Welche Zahlen und Auswertungen sind denn nun richtig? Gibt es sowas bereits?) und im schlimmsten Fall zu Fehlentscheidungen, wenn es z. B. darum geht, geeignete Steuerungsmaßnahmen zu ergreifen. Diese können schließlich nur dann zu einem positiven Ergebnis führen, wenn die Ausgangsbasis und -zahlen richtig gewählt und interpretiert werden.
3.2 Fehlende Dokumentation und Standards erhöhen das Fehlerrisiko
Hinzu kommt, dass gerade in kleineren Firmen i. d. R. keine Dokumentationen erstellt werden, aus denen hervorgeht, was die Anwendung kann und wie sie sich verändert, wenn sie laufend erweitert wird. Mit zunehmender Komplexität von anfangs einfachen Anwendungen steigt nicht nur wie beschrieben das Fehlerrisiko, etwa auf Grund falscher Formeln oder Verknüpfungen, sondern auch die Gefahr, dass man eine Anwendung nicht mehr wirklich versteht, wenn z. B. der Ersteller den Betrieb verlässt, er länger erkrankt oder auf einen anderen Arbeitsplatz im Betrieb wechselt.
3.3 Fehleranfälligkeit steigt mit zunehmender Komplexität
Leider zeigt die Praxis immer wieder, dass viele Anwendungen Fehler aufweisen. Das betrifft nicht nur Formeln, Makros und Verknüpfungen sondern auch die Controllingmethodik oder die Berechnung von Steuern. Je komplexer die Anwendung und je kurzfristiger Anpassungen vorgenommen werden müssen, desto eher treten Fehler auf.
3.4 Niemand kennt bzw. nutzt den vollständigen Funktionsumfang
Excel ist eine mächtige Anwendung mit einer schier endlosen Anzahl an Funktionen, Formeln und Auswertungsmöglichkeiten, die selbst Nutzer mit ausgeprägtem Excel-Wissen nicht alle kennen (können). Auf den ersten Blick schadet das zwar nicht wirklich, kann aber dazu führen, dass vor allem weniger geübte Nutzer lange nach vorhandenen Funktionen oder Leistungsmerkmalen suchen und dabei unnötig Zeit verlieren oder auch fehlerhaft arbeiten.
3.5 Zu starker Fokus auf Excel gefährdet Umsetzung der Digitalisierung
Der starke oder sogar alleinige Fokus in der IT auf Excel und ggf. weitere Microsoft-Lösungen birgt gerade für kleine Unternehmen mit bis zu etwa 100 Mitarbeitern das nicht zu unterschätzende Risiko, dass sie den digitalen Anschluss verlieren. Denn wer sich vor allem auf Excel als wesentliches Arbeitsmittel verlässt, merkt u. U. erst sehr (zu) spät, dass er in Sachen Digitalisierung gewaltigen Nachholbedarf hat. Wichtig ist daher, dass man regelmäßig prüft, ob und welche anderen Programme man trotz Zeit- und Ressourcenknappheit nutzen kann, z. B. Warenwirtschaftssysteme oder Anwendungen zum Forderungsmanagement. Auswertungen, Berichte und Grafiken können dann weiter mit Excel erstellt werden, da immer mehr dieser Anwendungen Excel mehr oder weniger automatisch einbinden.