Bei Abgabe einer Selbstanzeige i. S. d. § 371 AO oder einer berichtigten Steuererklärung i. S. d. § 153 AO endet die Festsetzungsfrist gem. § 171 Abs. 9 AO nicht vor Ablauf eines Jahres nach Eingang der Anzeige. Ist für die Steuerfestsetzung ein Feststellungsbescheid oder ein anderer Verwaltungsakt bindend (Grundlagenbescheid), endet gem. § 171 Abs. 10 Satz 1 AO die Festsetzungsfrist für den Folgebescheid nicht vor Ablauf von 2 Jahren nach Bekanntgabe des Grundlagenbescheids. Bei einem Grundlagenbescheid einer ressortfremden Behörde, also nicht Finanzamt (z. B. Feststellungsbescheide des Versorgungsamtes über eine Behinderung oder Bescheinigungen der Gemeinde- bzw. Denkmalbehörden nach §§ 7h, 7i EStG zum Zweck erhöhter AfA), ist nach Satz 3 des § 171 Abs. 10 AO zusätzliche Voraussetzung für den Eintritt der Ablaufhemmung, dass dieser Bescheid vor Ablauf der Festsetzungsfrist für die betroffene Steuer beantragt worden ist. Darüber hinaus beginnt nach Satz 2 in diesem Fall die 2-jährige Frist für die Anpassung des Folgebescheids erst mit Kenntnis des Finanzamts von der Entscheidung über den Erlass dieses Grundlagenbescheids. Störungen im Informationsfluss von den für den Grundlagenbescheid zuständigen ressortfremden Behörden zu den Finanzbehörden sollen nicht der Finanzverwaltung angelastet werden.
Die Festsetzungsfrist für einen Steueranspruch endet nach § 171 Abs. 14 AO nicht, soweit ein damit zusammenhängender Erstattungsanspruch nach § 37 Abs. 2 AO nicht nach § 228 AO verjährt ist. Durch Anwendung dieser Vorschrift wird vermieden, dass das Finanzamt bei unwirksamer Steuerfestsetzung hierauf geleistete Zahlungen auf der Grundlage des § 37 Abs. 2 AO erstatten muss. Das Finanzamt kann noch nach Ablauf der Regelfestsetzungsfrist die Steuerfestsetzung durch wirksamen Steuerbescheid nachholen, wenn die Zahlungsverjährungsfrist für mit der Steuerfestsetzung zusammenhängende Zahlungen noch nicht abgelaufen ist. Die Anwendung des § 171 Abs. 14 AO ist nicht auf die Fälle unwirksamer Steuerfestsetzungen beschränkt. Vielmehr ist grundsätzlich jeder mit dem Steueranspruch zusammenhängende Erstattungsanspruch geeignet, eine Ablaufhemmung auszulösen. Allerdings muss der Erstattungsanspruch, soll er den Ablauf der Festsetzungsfrist hemmen, vor Ablauf dieser Frist entstanden sein. Eine im Vorgriff auf eine erwartete geänderte Steuerfestsetzung für die Streitjahre erbrachte Zahlung begründet einen die Ablaufhemmung des § 171 Abs. 14 AO auslösenden Erstattungsanspruch, wenn es an einem formalen Rechtsgrund für die Zahlung fehlt, z. B. im Falle einer "Akontozahlung" nach Selbstanzeige mit verspäteter Auswertung.
Von der Ablaufhemmung nach § 171 Abs. 15 AO sind die Fälle betroffen, in denen ein Dritter Steuern für Rechnung des Steuerschuldners einzubehalten und abzuführen oder für Rechnung des Steuerschuldners zu entrichten hat, z. B. Lohn- oder Kapitalertragsteuer. Demnach endet die Festsetzungsfrist gegenüber dem Steuerschuldner nicht, solange die Festsetzungsfrist gegenüber dem Steuerabzugsverpflichteten noch läuft.