Bei atypisch stillen Gesellschaften stellt sich sowohl die Frage, ob aufgrund der Struktur als Innengesellschaft eine Betriebsstätte besteht, als auch die Frage, ob es sich um eine unternehmerische Tätigkeit i. S. d. Art. 7 OECD-MA handelt.
Der BFH entschied hierzu wie folgt: "Ist eine in Deutschland ansässige Person atypisch still an dem Unternehmen einer (Schweizer) Kapitalgesellschaft beteiligt, so sind die auf diese Weise erzielten Gewinnanteile Unternehmensgewinne i. S. d. Art. 7 DBA/CH. Diese Gewinnanteile durften… nicht in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden". Ungeachtet der Behandlung gewerblich geprägter Gesellschaften – keine Übernahme nationaler deutscher Gewerblichkeitsfiktionen – bleibt der BFH bei atypisch stillen Gesellschaften bei der Grundaussage, dass diese auch Unternehmensgewinne i. S. des Art. 7 OECD-MA vermitteln können. Die Finanzverwaltung erließ hierzu einen partiellen Nichtanwendungserlass. Das BMF-Schreiben regelt vorab den Vorrang abkommensspezifischer Regelungen. Soweit die DBA Sonderregelungen enthalten (DBA Luxemburg, Protokoll Nr. 11, DBA Niederlande, Protokoll Nr. 9; DBA Österreich, Protokoll Nr. 15; Art. 7 Abs. 6 DBA Tunesien), ergibt sich kein Qualifikationskonflikt. Soweit die DBA in diesen Fällen von Einkünften aus echten stillen Beteiligungen ausgehen, handelt es sich je nach DBA abkommensrechtlich um Dividenden oder Zinsen.
Im Verhältnis zu anderen Staaten übernimmt die Finanzverwaltung die Beurteilung des BFH zur Übernahme der innerstaatlichen Qualifikation. Gewinnanteile aus atypischen stillen Beteiligungen stellen nach § 15 Abs. 1 Satz 1 Nr. 2 EStG Einkünfte aus Gewerbebetrieb dar. Auch soweit die DBA Gewinnanteile aus atypischen stillen Beteiligungen nicht ausdrücklich den Unternehmensgewinnen zuordnen, sind die Abkommensbestimmungen über Unternehmensgewinne (vgl. Art. 7 OECD-MA) einschließlich der diesbezüglichen Regelungen über die Vermeidung der Doppelbesteuerung im Ansässigkeitsstaat anzuwenden; die Einkünfte sind nicht als Dividenden, Zinsen oder andere Einkünfte i. S. d. DBA anzusehen.
Dies bedeutet, dass aufgrund einer atypischen stillen Beteiligung an einem ausländischen Unternehmen dessen Betriebsstätte als Betriebsstätte des stillen Gesellschafters anzusehen ist. So auch das FG Düsseldorf. Gewinne der Betriebsstätte werden damit grundsätzlich nach dem Methodenartikel des anzuwendenden DBA zumindest bei aktiven Einkünften freigestellt.
Qualifiziert der andere Vertragsstaat die Einkünfte als Dividenden, Zinsen oder andere Einkünfte i. S. d. DBA und erhebt deswegen nur eine Quellensteuer oder stellt bei den sonstigen Einkünften frei, so ist – abweichend vom BFH-Urteil v. 21.7.1999 – nur die Anrechnung zu gewähren. Die Finanzverwaltung stützt sich insoweit auf den OECD-Bericht, The Application of the OECD Model Tax Convention to Partnerships, dessen Aussagen in den OECD-Musterkommentar zu Art. 7 und 23 (Rz. 35 bzw. 32.1 ff.) übernommen wurden. Rückwirkend für alle noch "offenen" Fälle ist diese Beurteilung durch § 50d Abs. 9 EStG ausdrücklich im Rahmen der nationalen Rückfallklausel geregelt; vgl. im Detail den gesonderten Beitrag Rechtsfolgen – Unterpunkt Qualifikationskonflikte.
Allerdings hat der BFH in seinem Grundsatzbeschluss entschieden: "… Es ist ernstlich zweifelhaft, ob § 50d Abs. 9 Satz 1 Nr. 1 sowie § 52 Abs. 59a Satz 6 EStG 2002 i. d. F. des JStG 2007 mit dem Grundgesetz vereinbar sind. Mangels Vorrangs des öffentlichen Interesses am Vollzug des Gesetzes ist dem Steuerpflichtigen infolgedessen jedenfalls für Steuerbescheide, die für Veranlagungszeiträume vor Einfügung jener Vorschriften in das Gesetz ergangen sind, vorläufiger Rechtsschutz zu gewähren…". Hinsichtlich Einzelheiten zu Qualifikationskonflikten und Rückfallklauseln s. Grenzüberschreitende Beteiligung an Personengesellschaften – Rechtsfolgen.
Zur Frage der Sondervergütungen/Sonderbetriebsvermögen s. Grenzüberschreitende Beteiligung an Personengesellschaften – Sondervergütungen und Sonderbetriebsvermögen.