Der Kläger betrieb eine Bäckerei in Niedersachsen. Zum Betrieb einer weiteren Bäckerei in A (Mecklenburg-Vorpommern) gründete er im Jahre 1992 eine GmbH, deren Alleingesellschafter und Geschäftsführer er ist. Er errichtete in A ein für den Betrieb der Bäckerei besonders gestaltetes Gebäude, erwarb das dafür erforderliche Inventar und verpachtete das Gebäudegrundstück mit Einrichtung an die GmbH. Seither besteht zwischen dem Kläger und der GmbH eine → Betriebsaufspaltung . Streitig war, ob dem Kläger für die in A getätigten Investitionen eine Investitionszulage nach § 2 InvZulG 1991 zusteht ( → Investitionszulagen bis 1998 ).
Anspruch auf eine Investitionszulage haben nur Steuerpflichtige, die im Fördergebiet begünstigte Investitionen vornehmen (§ 1 Abs. 1 InvZulG 1991). Begünstigte Investitionen sind die Anschaffung und die Herstellung von neuen abnutzbaren Wirtschaftsgütern des Anlagevermögens, die mindestens drei Jahre nach der Anschaffung oder Herstellung zum Anlagevermögen eines Betriebs oder einer Betriebsstätte im Fördergebiet gehören (Zugehörigkeitsvoraussetzung ) und in einer Betriebsstätte im Fördergebiet verbleiben (Verbleibensvoraussetzung; § 2 InvZulG 1991). An diesen Voraussetzungen hat es nach Auffassung des FA gefehlt, da der im Gebiet der alten Bundesländer ansässige Kläger im Fördergebiet keinen Betrieb und auch keine Betriebsstätte unterhalte. Der Betrieb in A sei keine Betriebsstätte des Klägers, sondern der GmbH. Dieser Argumentation folgte auch der – dem Verfahren vor dem BFH beigetretene – BMF.
Der BFH vertritt hierzu eine andere Auffassung. Er geht zwar auch davon aus, daß bei ertragsteuerrechtlicher Betrachtung die vom Kläger angeschafften Wirtschaftsgüter nicht zum Anlagevermögen eines Betriebs oder einer Betriebsstätte des Klägers im Fördergebiet gehören. Denn das Einzelunternehmen des Klägers befinde sich im Bereich der alten Bundesländer – also nicht im Fördergebiet. Mit der bloßen Überlassung des Grundstücks, der Maschinen und Betriebsvorrichtungen an die GmbH im Fördergebiet sei kein Betrieb und keine Betriebsstätte des Einzelunternehmens im Fördergebiet begründet worden. Auch unter den Besonderheiten einer Betriebsaufspaltung könne die GmbH ertragsteuerrechtlich nicht als Betriebsstätte des Einzelunternehmens behandelt werden. Die im Rahmen einer Betriebsaufspaltung tätigen Besitz- und Betriebsunternehmen seien jeweils rechtlich selbständige Unternehmen, ohne daß die Tätigkeit des Betriebsunternehmens dem Besitzunternehmen zuzurechnen sei. Das Besitzunternehmen erziele vielmehr Einkünfte aus einer gewerblich qualifizierten Vermietung (bzw. Verpachtung), zu deren notwendigem Betriebsvermögen (Anlagevermögen) die der Betriebsgesellschaft zur Nutzung überlassenen Wirtschaftsgüter gehörten. Von dem Erfordernis der Bindung an den Betrieb des Investors sieht der BFH jedoch eine Ausnahme für den Fall der Betriebsaufspaltung, sofern Besitz- und Betriebsunternehmen für die Dauer der gesetzlichen Verbleibens- und Verwendungsfrist betriebsvermögensmäßig miteinander verflochten sind. Wie der BFH bereits in einer früheren Entscheidung ausgeführt hat (BFH, Urteil v. 16. 9. 1994, III R 45/92, BStBl 1995 II S. 75), ist es unter dieser Voraussetzung angebracht, die an sich gegebene rechtliche Selbständigkeit von Besitz- und Betriebsunternehmen zu vernachlässigen und dem Prinzip der „wirtschaftlichen Einheit” der verflochtenen Unternehmen im Investitionszulagerecht den Vorrang einzuräumen.