Das Verfahren zur Inanspruchnahme einer Kraftfahrzeugsteuervergünstigung richtet sich nach § 7 KraftStDV. Nach § 7 Abs. 1 KraftStDV hat der Fahrzeughalter in Fällen, in denen er beabsichtigt seinen Anspruch auf Kraftfahrzeugsteuerbefreiung, auf Kraftfahrzeugsteuerermäßigung oder auf Nichterhebung der Kraftfahrzeugsteuer für einen Kraftfahrzeuganhänger – vgl. § 10 Abs. 1 KraftStG – geltend zu machen, hat er dies unter Angabe der Gründe schriftlich beim zuständigen HZA zu beantragen. In Fällen, in denen eine Kraftfahrzeugsteuervergünstigung von technischen Voraussetzungen abhängt, für deren Beurteilung nach § 2 Abs. 2 S. 1 Nr. 2 KraftStG die Feststellungen der Zulassungsbehörden verbindlich sind, ist der Antrag auf Kraftfahrzeugsteuerbefreiung nach § 7 Abs. 3 KraftStDV auch bei der Zulassungsbehörde zu stellen.
Nach § 13 Abs. 1 S. 2 Nr. 1 KraftStG ist im Rahmen der seit 1. Juli 2014 bundeseinheitlichen Vorgabe das Vorliegen einer schriftlichen Ermächtigung zum Einzug der Kraftfahrzeugsteuer, d. h. eines sog. SEPA-Mandats, zu Lasten eines Kontos des Fahrzeughalters oder einer dritten Person, Voraussetzung für die Zulassung eines Kraftfahrzeugs. Nach bisheriger Rechtslage hat die Finanzverwaltung nur bei bestimmten Kraftfahrzeugsteuerbefreiungen auf die Erteilung eines solchen Mandats verzichtet. Die Voraussetzung für diesen Verzicht ist im Rahmen der Kraftfahrzeugsteuerreform 2020 (s. o.) deutlich ausgedehnt worden, so dass es bei Zulassung eines Elektrofahrzeugs, für das die Steuerbefreiung nach § 3d KraftStG in Betracht kommt, nicht länger der Erteilung eines SEPA-Mandats bedarf.
Verbindlich sind die Feststellungen der Zulassungsbehörde für die Beurteilung der Schadstoff-, Kohlendioxid- und Geräuschemissionen, anderer Bemessungsgrundlagen technischer Art sowie der Fahrzeugklassen und Aufbauarten. Bei dem Antrag auf Inanspruchnahme einer Kraftfahrzeugsteuerbefreiung handelt es sich nach § 7 Abs. 4 KraftStDV um eine Steuererklärungen i. S. d. § 150 AO, unabhängig davon, ob er beim HZA oder bei der Zulassungsbehörde gestellt wird. In Fällen, in denen eine Kraftfahrzeugsteuererklärung nach § 3 KraftStDV abzugeben ist, z. B. bei Zulassung eines Fahrzeugs, genügt es nach § 7 Abs. 5 KraftStDV, in diese Steuererklärung einen entsprechender Hinweis aufzunehmen, um eine Vergünstigung zu beantragen oder auch den Wegfall einer der Voraussetzungen hierfür anzuzeigen.