In der Literatur sind verschiedentlich Zweifel daran geäußert worden, ob die Gewinnermittlung nach § 5a EStG verfassungsgemäß ist. Diese Zweifel resultieren aus der bereits oben dargestellten steuerlichen Besserstellung von Handelsschiffen im internationalen Verkehr gegenüber sonstigen Berufsgruppen. Eine solche erhebliche steuerliche Besserstellung ist nach der Rechtsprechung des BVerfG nur dann nicht als Verstoß gegen Art. 3 Abs. 1 GG zu sehen, wenn hierfür besondere sachliche Gründe gegeben sind. In der Gesetzesbegründung zu § 5a EStG ist als Argument die Erhaltung der Wettbewerbsfähigkeit deutscher Reeder sowie die Sicherung von inländischen Arbeitsplätzen angeführt. Ob diese Gründe als ausreichend anzusehen sind, soll hier offengelassen werden.
Zudem wird als Grund für die steuerlichen Vergünstigungen des § 5a EStG genannt, dass Deutschland aufgrund seines umfangreichen Außenhandels ein existenzielles Interesse an einer Bereederung von Seeschiffen im Inland hat. Auch dieses Argument wird teilweise kritisch gesehen, soll aber auch nicht abschließend gewürdigt werden. Letztlich bleibt festzuhalten, dass die Norm zumindest so lange geltendes Recht darstellt, wie das BVerfG eine etwaige Verfassungswidrigkeit nicht festgestellt hat. Auch aufgrund des Europarechts bestehen keine Bedenken gegen § 5a EStG. Andere EU-Länder, z. B. Niederlande, Schweden, Zypern, verfügen ebenfalls über eine Tonnagesteuer, die ähnlich der deutschen Regelung ausgestaltet ist. Den Reedern wird dabei teilweise noch weiter entgegengekommen.
In jedem Fall dürfte nicht mit einer kurzfristigen Streichung des § 5a EStG zu rechnen sein. Dies beruhte zunächst darauf, dass durch die Möglichkeit der Tonnagebesteuerung in den ersten Jahren der gesetzlichen Neuregelung der Bestand der deutschen Flotte in einem erheblichen Umfang zugenommen hat. So wurde die Zusage der deutschen Reeder, bis Ende 2008 wieder 500 Schiffe unter die deutsche Flagge zu bringen, die der Politik im Rahmen der 5. Maritimen Konferenz gegeben wurde, zunächst erfüllt. Seitdem ist die Zahl der Schiffe unter deutscher Flagge allerdings erheblich zurückgegangen. Es darf hierbei nicht verkannt werden, dass das Führen der deutschen Flagge mit einem erheblichen finanziellen Mehraufwand verbunden ist, der gerade in Zeiten, in denen die Finanzierung der Schiffe mit großen Schwierigkeiten verbunden ist, gern eingespart wird. Allerdings war die Lage vieler Reedereien lange Jahre der Krise so schwierig , dass eine kurzfristige Abschaffung des § 5a EStG zu einem weiteren Verlust an Arbeitsplätzen in der maritimen Wirtschaft führen würde, was nicht gewollt ist. Dies betrifft insbesondere die Vielzahl von kleineren und mittelgroßen Reedereien, die in einem besonderen Maße von der schweren Krise der maritimen Wirtschaft betroffen waren. Erst seit Mitte des Jahres 2021 hat sich die Stimmung in der maritimen Wirtschaft gedreht und die Charterraten sind derzeit auf einem hohen bis zumindest auskömmlichen Niveau. Viele Reedereien erleben diesen Aufschwung indes nicht mehr, da gerade mittelständische Reedereien in den letzten Jahren in großer Zahl vom Markt verschwunden sind. Dies und der Zusammenschluss großer Reedereien bewirken eine Marktkonzentration, die sich als wenig positiv darstellen dürfte.