Die AG hat zwingend drei Organe: Vorstand, Aufsichtsrat und Hauptversammlung.
5.3.1 Vorstand
Der Vorstand übernimmt die Geschäftsführung der AG und vertritt die AG nach innen und außen. Er führt die Geschäfte der AG in eigener Verantwortung mit der Sorgfalt eines ordentlichen und gewissenhaften Geschäftsleiters und hat – anders als der Geschäftsführer einer GmbH – bei der Leitung weder Weisungen der anderen Organe (Hauptversammlung und Aufsichtsrat) noch Dritter zu befolgen. Verstöße gegen die Organpflichten und dem Anstellungsvertrag führen zur persönlichen Haftung des Vorstandes. Vorstandsmitglieder bestellt der Aufsichtsrat auf höchstens fünf Jahre. Eine wiederholte Bestellung oder Verlängerung der Amtszeit, jeweils für höchstens fünf Jahre, ist zulässig. Während der Amtszeit kann der Vorstand nur aus wichtigem Grund abberufen werden.
5.3.2 Aufsichtsrat
Der Aufsichtsrat besteht aus mind. drei Personen. Er prüft etwa den Jahresabschluss, stellt ihn fest (soweit er dies nicht der Hauptversammlung überlässt) und bestellt, entlässt und überwacht den Vorstand und schließt mit ihm als Vertreter der AG die Dienstverträge ab. Der Aufsichtsrat kann vorsehen, dass der Vorstand bestimmte Maßnahmen nur nach vorheriger Zustimmung des Aufsichtsrats vornehmen darf. Es ist allerdings untersagt, dem Aufsichtsrat selbst Maßnahmen der Geschäftsführung zu übertragen. Früher wurde die Rolle des Aufsichtsrats in erster Linie als Überwachungs- und Kontrollorgan der AG angesehen. Heute haben die Begleitung und aktive Mitgestaltung der Unternehmensstrategie durch den Aufsichtsrat erheblich an Bedeutung gewonnen.
Die Mitglieder des Aufsichtsrats werden von der Hauptversammlung gewählt, soweit sie nach der Satzung nicht in den Aufsichtsrat zu entsenden oder (z. B. nach dem Mitbestimmungsgesetz, dem Mitbestimmungsergänzungsgesetz oder dem Drittelbeteiligungsgesetz) als Aufsichtsratsmitglieder der Arbeitnehmer zu wählen sind. Von der Hauptversammlung gewählte Aufsichtsratsmitglieder können jederzeit durch Beschluss, der mind. 75 % der abgegebenen Stimmen bedarf, abberufen werden.
Aufsichtsratsmitglieder können nicht für längere Zeit als bis zur Beendigung der Hauptversammlung bestellt werden, die über die Entlastung für das vierte Geschäftsjahr nach dem Beginn der Amtszeit beschließt. Das Geschäftsjahr, in dem die Amtszeit beginnt, wird dabei nicht mitgerechnet.
5.3.3 Willensbildung, Gesellschafterversammlungen und -beschlüsse
Die Hauptversammlung besteht aus den Aktionären der AG und ist das Organ, in dem die Aktionäre ihre Rechte ausüben sollen. Hier werden keine Angelegenheiten der Geschäftsführung, sondern lediglich die Grundlagenentscheidungen gefasst. Hierunter fallen u. a. Satzungsänderungen, Kapitalmaßnahmen und die Bestellung und Abberufung von Aufsichtsratsmitgliedern (soweit sie von der Hauptversammlung und nicht von Arbeitnehmern gewählt oder von dazu berechtigten Aktionären entsandt wurden). Die Stimmrechte in der Hauptversammlung richten sich grundsätzlich nach dem gehaltenen Anteil am Grundkapital. Allerdings kann die Satzung stimmrechtslose Vorzugsaktien vorsehen. Aktien mit einem Mehrstimmrecht sind heute nicht zulässig, was der Regierungsentwurf für das Zukunftsfinanzierungsgesetz vom September 2023 ändern und die vor 25 Jahren abgeschafften Mehrstimmrechtsaktien wieder zulassen will. Wie bei der GmbH werden die Beschlüsse in der Regel mit der Mehrheit der Stimmen gefasst. Besonders wesentliche Angelegenheiten bedürfen allerdings einer qualifizierten Mehrheit.