Eine maßgebliche Bedeutung für die Frage des angemessenen Verrechnungspreises ist auch die Funktion, die das jeweilige Unternehmen erfüllt, sowie das Risiko, welches es zu tragen hat.
Welche Art des Vertriebs ein Steuerpflichtiger wählt, steht in seinem Ermessen. Steuerliche Probleme können aber hinsichtlich der Verrechnungspreise daraus resultieren, dass eine einmal gewählte Vertriebsform geändert wird. Mit der Vertriebsform wird nämlich auch eine betriebswirtschaftliche Funktion und damit auch Gewinnpotenzial übertragen. Dies kann sich zum einen auf die Höhe des angemessenen Verrechnungspreises niederschlagen, da sich die Funktion und das Risiko geändert haben, zum anderen kann auch eine Funktionsverlagerung in Betracht kommen.
Einen Sonderfall stellt es dar, wenn der Eintritt in einen neuen Markt erfolgen soll. In einem solchen Fall kann ein Preis angemessen sein, der unter anderen Umständen unangemessen wäre. So fallen etwa zunächst höhere Kosten an, z. B. für Werbung, Gratislieferungen etc., um in den Markt zu kommen. Fraglich ist, wer diese Kosten zu tragen hat. Regelmäßig haben beide Unternehmen – also das Produktions- und das Vertriebsunternehmen – ein Interesse an dem Markteintritt, sodass eine sachgerechte Aufteilung von Markteintrittskosten üblicher Weise zu erfolgen hat. Gleiches wird man auch für Marktverteidigungskosten annehmen können.
Ein weiterer Sonderfall ist die sog. verlängerte Werkbank. Hier wird ein Teil der Produktion auf ein konzerninternes Zulieferunternehmen ausgegliedert. Die Verwaltung fordert in diesem Fall zwingend die Anwendung der Kostenaufschlagsmethode.
Hinzuweisen ist schließlich auf den Sonderfall der Tragung von Anlaufverlusten sowie die Folgen von dauerhaften Verlusten bei reinen Vertriebsunternehmen. Nach der Rechtsprechung und der Verwaltung ist davon auszugehen, dass reine Vertriebsunternehmen mittel- und langfristig nur Gewinne erwirtschaften können. Dies gilt nur für die Anfangsphase nicht, in der das Unternehmen am Markt etabliert wird. Allerdings ist nach 3 bis 5 Jahren davon auszugehen, dass die Vertriebsgesellschaft in der Gewinnzone liegt. Ein sachverständiger Geschäftsführer hätte ansonsten das Geschäft als dauerhaft verlustbringend aufgegeben. Der Verrechnungspreis des ausländischen Produktionsunternehmens ist deshalb anzupassen, wenn eine dauerhafte Verlustsituation vorliegt.