Bei Gebäuden ist die Vorsteuer i. d. R. nach dem Verhältnis der tatsächlichen Nutzflächen aufzuteilen. Dies stellt nach den Ausführungen der Finanzverwaltung regelmäßig die wirtschaftlich präzisere Aufteilungsmethode gegenüber dem Gesamtumsatzschlüssel dar. Die Feststellungslast, dass der Flächenschlüssel präziser als ein Umsatzschlüssel ist, liegt zwar beim Finanzamt. Dies gilt jedoch nur, wenn dem Finanzamt alle für eine entsprechende Beurteilung erforderlichen Informationen vorliegen, insbesondere durch Erfüllung der dem Unternehmer obliegenden Mitwirkungspflichten. Liegen nicht alle erforderlichen Informationen vor bzw. lassen diese keine eindeutige Beurteilung zu, ist lt. Finanzverwaltung davon auszugehen, dass der Flächenschlüssel grundsätzlich die präziseren Ergebnisse liefert.
Der Flächenschlüssel errechnet sich grundsätzlich aus der Grundfläche aller Räume, unabhängig davon, ob es sich um Wohn- oder Gewerbefläche handelt. Flächen, die zur Versorgung des Gebäudes verwendet oder nur gemeinsam genutzt werden (z. B. Technikräume, Treppenhaus, Waschküche) bleiben unberücksichtigt.
Unionsrecht
Nach Unionsrecht ist für die Aufteilung der Vorsteuerbeträge im Grundsatz ein auf die Gesamtheit der von dem Unternehmer bewirkten Umsätze bezogener Umsatzschlüssel anzuwenden. Die Mitgliedstaaten können jedoch nach Art. 173 Abs. 2 MwStSystRL in bestimmten Fällen von diesem Grundsatz abweichen. Voraussetzung ist, dass die herangezogene Methode eine präzisere Bestimmung der Vorsteueraufteilung gewährleistet.
Somit sieht die EuGH- und BFH-Rechtsprechung je nach konkretem Sachverhalt auch im Einzellfall den Umsatzschlüssel als sachgerechten Aufteilungsmaßstab an. Jedoch ermöglicht der objektbezogene Flächenschlüssel regelmäßig ein sachgerechtes und präziseres Ergebnis als der gesamtumsatzbezogene oder der objektbezogene Umsatzschlüssel. Insbesondere wenn die verschiedenen Zwecken dienenden Flächen miteinander vergleichbar sind. Ob die Vergleichbarkeit der Flächen im Streitfall gegeben ist, muss jedoch im Einzelfall überprüft werden.
Der Gesamtumsatzschlüssel (gleichbedeutend zum gesamtumsatzbezogenen oder gesamtunternehmensbezogenen Umsatzschlüssel) oder andere Aufteilungsschlüssel können nur in Betracht gezogen werden, wenn damit ein nachweisbar präziseres Ergebnis geliefert wird. Die Auswahl der anzuwendenden präziseren Methode obliegt in diesen Fällen dem Unternehmer; das Finanzamt kann sie jedoch daraufhin überprüfen, ob sie sachgerecht ist.
Der objektbezogene Umsatzschlüssel kann z. B. zur Anwendung kommen, wenn die Ausstattung der unterschiedlich genutzten Räume erheblich voneinander abweicht. Erhebliche Unterschiede in der Ausstattung können immer dann angenommen werden, wenn sich die Dicke der Decken und Wände oder die Innenausstattung erheblich voneinander unterscheiden. In solchen Fällen erfolgt lt. Finanzverwaltung grundsätzlich eine Aufteilung der Vorsteuerbeträge anhand des objektbezogenen Umsatzschlüssels.
Ein sog. Investitionsschlüssel – Zuordnung der Investitionskosten zum jeweiligen Gebäudeteil – ist dagegen nicht zulässig. Der in vielen Fällen faktische Ausschluss des Umsatzschlüssels durch den im Gesetz vorrangig vorgeschriebenen Flächenschlüssel verstößt jedoch nicht gegen Unionsrecht, da ein objektbezogener Flächenschlüssel eine präzisere Bestimmung des Pro-rata-Satzes ermöglicht als der auf die Gesamtumsätze des Unternehmens bezogene Umsatzschlüssel nach Art. 173 MwStSystRL.
Nach dem BFH-Urteil kann bei einer zeitlich abwechselnden Nutzung desselben Gebäudes zu steuerfreien und steuerpflichtigen Zwecken eine Aufteilung nach Nutzungszeiten zu einer präziseren wirtschaftlichen Zurechnung als der (unternehmensbezogene oder objektbezogene) Umsatzschlüssel führen. In solchen Fällen kommt eine Vorsteueraufteilung anhand des objektbezogenen Flächenschlüssels nicht in Betracht, wenn es nicht um die gleichbleibende Nutzung verschiedener Funktionsbereiche geht, sondern um die zeitlich abwechselnde Nutzung derselben Gebäudeteile.