Für die Beendigung des Arbeitsverhältnisses mit AT-Angestellten gelten nur wenige Besonderheiten. Grundsätzlich finden die gesetzlichen Kündigungsfristen des § 622 BGB Anwendung. Sollen einzelvertragliche Kündigungsfristen vereinbart werden, sind gewisse Höchstgrenzen zu beachten. Grundsätzlich gilt jedoch zunächst die Vertragsfreiheit, wonach es zulässig ist, längere Kündigungsfristen zu vereinbaren. § 622 Abs. 5 Satz 1 BGB verbietet die Vereinbarung kürzerer Kündigungsfristen, als das Gesetz sie vorsieht. Bei der Verlängerung der Kündigungsfristen darf die Frist für die Kündigung durch den Arbeitnehmer nicht länger sein als für die Kündigung durch den Arbeitgeber. Auch ist die Verlängerung der gesetzlichen Kündigungsfristen nicht grenzenlos zulässig. Eine Grenze ergibt sich zunächst aus § 624 BGB und § 15 Abs. 4 TzBfG. Danach darf ein Arbeitnehmer maximal 5 ½ Jahre an den Arbeitsvertrag gebunden werden. Unter Umständen kann eine einzelvertraglich vereinbarte Kündigungsfrist, die wesentlich länger ist als die gesetzlich vorgesehene Frist, als Verstoß gegen das Recht auf freie Wahl des Arbeitsplatzes (Art. 12 GG) angesehen werden. Das BAG hat insoweit eine Kündigungsfrist von einem Jahr zum Ablauf eines 5-Jahres-Vertrags als wirksam angesehen.
Das Kündigungsschutzgesetz findet auf die Arbeitsverhältnisse AT-Angestellter uneingeschränkt Anwendung, es sei denn, der AT-Angestellte ist außerdem noch "leitender Angestellter" i. S. v. § 14 Abs. 2 KSchG Bestand das Arbeitsverhältnis zum Zeitpunkt der ordentlichen Kündigung daher länger als 6 Monate und beschäftigte der Betrieb zu diesem Zeitpunkt regelmäßig mehr als 10 Arbeitnehmer ausschließlich der Auszubildenden, ist die ordentliche Kündigung deshalb nur wirksam, wenn sie durch Gründe bedingt ist, die in der Person oder in dem Verhalten des AT-Angestellten liegen oder wenn dringende betriebliche Erfordernisse seiner Weiterbeschäftigung im Betrieb entgegenstehen. Die Besonderheit des § 14 Abs. 2 KSchG, wonach der sich der Arbeitgeber auch bei sozial ungerechtfertigter Kündigung durch die Stellung eines Auflösungsantrags gegen eine vom Gericht festzusetzende Abfindungszahlung ohne weitere Begründung vom leitenden Angestellten lösen kann, gilt für den bloßen AT-Angestellten nicht. D. h., bei der Auflösung des Arbeitsverhältnisses nach § 9 KSchG muss ein Auflösungsgrund bestehen, es sei denn, der AT-Angestellte ist zur selbstständigen Einstellung oder Entlassung von Arbeitnehmern befugt. Bei betriebsbedingter Kündigung ist gemäß § 1 Abs. 3 KSchG eine soziale Auswahl vorzunehmen. Im Rahmen der Vergleichbarkeit auf der Betriebshierarchie (horizontale Vergleichbarkeit) kann auch die Vergütung/Eingruppierung ein Indiz für die Vergleichbarkeit sein. Ein AT-Angestellter, der in seinem Aufgabenbereich besonders hervorgehoben ist, kann damit in der Regel nicht mit einem Angestellten verglichen werden, dessen Tätigkeit den Eingruppierungsmerkmalen des Tarifvertrags entspricht.
Vor jeder Kündigung eines AT-Angestellten ist der Betriebsrat gemäß § 102 BetrVG zu hören.