Sachverhalt
Die Vorabentscheidungsersuchen des BFH v. 11.12.2013, XI R 17/11 sowie v. 11.12.2013, XI R 38/12, verb. Rs C-108/14 und C-109/14 (Beteiligungsgesellschaft LARENTIA + MINERVA mbH & Co. KG und Marenave Schiffahrts AG) betrafen den Umfang des Vorsteuerabzugs einer Holding sowie die Frage, ob eine Personengesellschaft Teil einer umsatzsteuerlichen Organschaft sein kann.
In der Rs. C-108/14 war die Höhe des Vorsteuerabzugs einer Holding aus Eingangsrechnungen im Zusammenhang mit der Kapitalbeschaffung streitig, wenn das dadurch eingeworbene Kapital zum Erwerb von Anteilen an Tochtergesellschaften dient und die Holding diesen gegenüber später steuerpflichtige Dienstleistungen erbringt. Die Klägerin ist eine "Beteiligungsgesellschaft" in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG und war im Streitjahr (2005) als sog. "Dachfonds" an zwei - ebenfalls in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG betriebenen - Tochtergesellschaften als Kommanditistin beteiligt. Ihre Kommanditeinlagen betrugen jeweils über 98 %. Die Tochtergesellschaften waren jeweils Eigentümerinnen eines von ihnen im internationalen Schiffsverkehr betriebenen Vollcontainerschiffes.
Die Klägerin schloss mit ihren Tochtergesellschaften am 1.3.2005 einen "Dienstleistungsvertrag". Danach erbrachte sie gegenüber den Tochtergesellschaften "administrative Leistungen" und stand ihnen als "allgemeiner betriebswirtschaftlicher Berater" zur Seite. Insbesondere übernahm sie die Organisation und Durchführung von Gesellschafterversammlungen, die Beratung bei betrieblichen Abläufen, Beratungen auf dem Gebiet des Chartermarktes, die Beratung in Finanzierungsfragen, die Vermittlung von Kontakten zu Hafen- und anderen in- oder ausländischen Behörden für die Tochtergesellschaften, die Beratung bei anlässlich dieser Vermittlung geführten Gesprächen sowie die Vermittlung von Rechts-, Steuerberatungs- und Wirtschaftsprüfungsleistungen.
Für diese Dienstleistungen erhielt sie ab dem Jahr 2006 eine jährliche Vergütung zuzüglich Umsatzsteuer. Für die Beratung in der Gründungsphase und für die Beratung zur laufenden Tätigkeit in der Zeit bis zum Ablauf des Streitjahres 2005 erhielt sie eine Pauschalvergütung zuzüglich Umsatzsteuer.
Die Klägerin warb im Streitjahr 2005 mithilfe der A-GmbH Kapital ein, wovon sie ca. 80 % für die Erbringung ihrer Kommanditeinlage bei den Tochtergesellschaften verwandte. Für Aufwendungen der Klägerin im Zusammenhang mit der Einwerbung des Kapitals durch die A-GmbH und für die Erstellung eines von der B-GmbH erstellten Prospektgutachtens fiel Umsatzsteuer an, die die Klägerin in ihrer Umsatzsteuererklärung für 2005 als Vorsteuer geltend machte. Das Finanzamt ließ davon zuletzt ca. 22 % zum Vorsteuerabzug zu. Das von der Klägerin insgesamt eingeworbene Kapital diene i. H. v. ca. 78 % ihrem nichtwirtschaftlichen Bereich des Haltens von Anteilen an den Tochtergesellschaften, für den ein Vorsteuerabzug ausscheide.
In der Rs. C-109/14 ging es um einen ähnlichen Sachverhalt. Die Klägerin ist eine Aktiengesellschaft, deren einzige Aktionärin zunächst eine X-GmbH & Co. KG war. Die Klägerin erwarb, betrieb und veräußerte Seeschiffe. Daneben erwarb und verwaltete sie insbesondere im Bereich der Schifffahrt in- und ausländische Beteiligungen und Finanzanlagen.
Durch eine im Rahmen ihres Börsengangs erfolgte Aktienemission erhöhte sie ihr Kapital im Jahr 2006 (Streitjahr) um ca. 300 %. Hierdurch entstanden für sie Emissionskosten, die mit Umsatzsteuer belastet waren. Nach dem Ausgabeprospekt zum Börsengang beabsichtigte die Klägerin, sich als internationale Anbieterin in der Branche der zeitweiligen entgeltlichen Überlassung von Container- und Tankerschiffen zu positionieren. Diese sog. Schiffscharter führte sie nach ihrem Konzept über sog. Schiffskommanditgesellschaften in der Rechtsform einer GmbH & Co. KG aus, die - u.a. zur Verringerung des Haftungsrisikos - Eigentümerinnen und Betreiberinnen der Schiffe werden und Fremdkapitalanteile aufnehmen sollten. Die Klägerin war Mehrheitskommanditistin an den jeweiligen Schiffs-KGs mit einer Beteiligungsquote von mehr als 99 %. Die weiteren Kommanditisten waren jeweils die X-GmbH & Co. KG sowie der jeweilige Vertragsreeder. Als einzige Komplementärin war jeweils eine GmbH vorgesehen, deren Anteile vollständig von der Klägerin gehalten wurden. Diese Komplementärin und die Klägerin waren jeweils vertretungsberechtigt und führten die Geschäfte der jeweiligen Schiffs-KG.
Die Klägerin erhielt für die Geschäftsführungsleistung bei der jeweiligen Schiffs-KG neben einem Aufwendungsersatz eine jährliche Vergütung zuzüglich Umsatzsteuer. Die Höhe dieses Geschäftsführergehalts hatte die Klägerin auf der Grundlage ihrer Kosten für die Aktienemission und der Annahme einer durchschnittlichen betrieblichen Nutzungsdauer eines Seeschiffs von 20 Jahren kalkuliert. Zur Finanzierung des Erwerbs und des Betriebs des jeweiligen Seeschiffs wurde bei den Schiffs-KGs eine Kapitalerhöhung durchgeführt, die im Wesentlichen durch die Klägerin mittels ...