Zur steuersystematischen Einordnung der Betriebe gewerblicher Art in das Körperschaftsteuerrecht führte Weitemeyer aus, dies müsse als Grundentscheidung des Gesetzgebers angesehen werden und daher auch zur Anwendung des Trennungsprinzips und zur Behandlung eines Betriebs gewerblicher Art als "virtuelle Kapitalgesellschaft" führen. Allerdings plädierte Weitemeyer für eine differenzierte Anwendung der Grundsätze der verdeckten Gewinnausschüttung und des Fremdvergleichsmaßstabs auf die verschiedenen Körperschaftsteuersubjekte. Hüttemann erwiderte hierzu, da das Unternehmensteuerrecht schon grundsätzlich rechtsformabhängig sei, ließe sich gerade im Bereich der Besteuerung der öffentlichen Hand über zivilrechtliche Unterschiede nicht einfach hinwegsehen. Rechtlich nicht verselbstständigte Betriebe gewerblicher Art könnten nicht einfach als Kapitalgesellschaften behandelt werden.
Kurth wies auf den in vielen Kommunen verbreiteten Trend zur "Re-Kommunalisierung" hin, wobei Aufgaben, die die Kommunen bisher in private Hände gegeben hätten, wieder von Eigenbetrieben der Kommunen selbst wahrgenommen würden, gleichsam als "ausschreibungsfreies Inhouse-Geschäft". Dies betreffe insbesondere die Abfallentsorgung. Die politisch Verantwortlichen begründeten dies gelegentlich direkt mit steuerlichen Vorteilen, insbesondere mit der Einsparung von Umsatzsteuer. Die private Entsorgungswirtschaft habe bei der Europäischen Kommission Beschwerden gegen die umsatzsteuerliche Privilegierung der öffentlichen Hand eingereicht.
Hundsdoerfer griff zunächst die Begründung für die Besteuerung der Tätigkeit der öffentlichen Hand auf, nämlich die Wettbewerbsneutralität. Aus ökonomischer Sicht sei es keinesfalls eindeutig, dass eine unterschiedliche Besteuerung Privater und der öffentlichen Hand sich auf den Wettbewerb auswirke, da sich beide Gruppen auch schon vor Steuern zwangsläufig in einer sehr unterschiedlichen Wettbewerbsposition befänden und jedenfalls die kurzfristigen Wettbewerbswirkungen der Besteuerung nicht eindeutig seien. Längerfristig könne die Wettbewerbsneutralität aber unter anderem durch die Auswirkungen der Besteuerung auf die Selbstfinanzierungsmöglichkeiten berührt werden. Allerdings werde die Selbstfinanzierung auch durch andere Faktoren als die Besteuerung beeinflusst, wie insbesondere die Ausschüttungspolitik. Die Wettbewerbswirkungen der Besteuerung ließen sich daher im Ergebnis nicht eindeutig beurteilen.
Weitemeyer verneinte schließlich die Frage, ob die Neuregelung des § 4 Abs. 6 KStG, die die steuerliche Nutzbarkeit von Verlusten im kommunalen Querverbund ermöglicht, mit europäischem Beihilferecht vereinbar sei. Zum einen lägen bereits die Maßstäbe für die Berechnung aufgrund der pauschalen Anordnung des Verlustausgleichs nicht vorher objektiv und transparent fest. Zum anderen dürfe der Ausgleich dann nicht über das hinausgehen, was erforderlich sei, um die erwirtschafteten Verluste auszugleichen. Wie dieses Kriterium auf steuerliche Verluste anzuwenden sei, sei unklar. Die Vereinbarkeit mit europäischem Beihilferecht sei nach alledem unsicher. Im Übrigen handele es sich nach Weitemeyer wohl um eine "alte" Beihilfe, die nicht anmeldepflichtig gewesen sei. Denn wenn die bestehende Verwaltungspraxis nicht geändert, sondern durch den Gesetzgeber bestätigt werde, dann liege keine "neue" Beihilfe vor. Diese Qualifizierung sei aber ebenfalls unsicher.