Eine privatnützige Stiftung unterliegt der Gewerbesteuer, wenn sie einen Gewerbebetrieb i.S.v. § 2 Abs. 1 GewStG (originärer Gewerbebetrieb, § 15 Abs. 2 EStG) oder einen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb (§ 14 S. 1 AO) unterhält, der gem. § 2 Abs. 3 GewStG als Gewerbebetrieb gilt. Die Gewerbesteuer beträgt unter Berücksichtigung der Steuermesszahl von 3,5 % (§ 11 Abs. 2 GewStG) und dem gesetzlich Mindesthebesatz von 200 % (§ 16 Abs. 4 S. 2 GewStG) 7 % des Gewerbeertrags. Da der durchschnittliche Hebesatz der Gemeinden zwischen 400 % und 500 % liegt, ist die tatsächliche Belastung im Regelfall mehr als doppelt so hoch.
Eine privatnützige Stiftung kann z.B. dann gewerbesteuerpflichtig sein, wenn sie als Unternehmensträgerstiftung ein Einzelunternehmen selbst betreibt. Das kann der Fall sein, wenn sie z.B. als’gewerblicher Wertpapierhändler oder Grundstückshändler tätig wird. Als Indiz für das Vorliegen eines gewerblichen Grundstückshandels gilt die Überschreitung der "Drei-Objekt-Grenze", wonach die Veräußerung von mehr als drei Objekten innerhalb eines Fünfjahreszeitraums grds. gewerblich ist.
Ob eine Beteiligungsträgerstiftung der Gewerbesteuer unterfällt, hängt von der Rechtsform der Beteiligungsgesellschaft ab. Die Beteiligung an einer gewerblichen Personengesellschaft begründet stets einen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb, wohingegen die Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft grds. in den Bereich der Vermögensverwaltung fällt und daher keine Gewerbesteuer auslöst. Wenn die Stiftung allerdings wesentlichen Einfluss auf die laufende Geschäftsführung einer Tochterkapitalgesellschaft nimmt oder ein Fall der Betriebsaufspaltung vorliegt, kann ein wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb vorliegen. Ein entscheidender Einfluss auf die laufende Geschäftsführung wird nicht bereits dann angenommen, wenn die Stiftung nur ihre gesetzlichen Gesellschafterrechte und -pflichten ausübt; erforderlich ist vielmehr ein aktives Eingreifen in das Tagesgeschäft.
Hinweis
Wenn eine Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft einem Gewerbebetrieb oder wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb zuzuordnen ist, unterliegen die Dividenden bei der Stiftung nicht nur der Körperschaftsteuer, sondern auch der Gewerbesteuer. Auch bei der Gewerbesteuer greift eine Steuerbefreiung von effektiv 95 %, wenn die Voraussetzungen des § 9 Nr. 2a GewStG (Schachtelprivileg) erfüllt werden, was insb. eine Beteiligung zu Beginn des Erhebungszeitraums von mindestens 15 % erfordert. Im Ergebnis wäre dann 5 % der Gewinnausschüttungen zusätzlich gewerbesteuerpflichtig (z.B. Hebesatz i.H.v. 400 %, 14 %; effektiv 0,70 %).