Die Güterstandsklausel kann den Gesellschaftern zunächst die Verpflichtung auferlegen, im Wege des Abschlusses eines Ehevertrags den Güterstand der Gütertrennung zu vereinbaren. Die Gütertrennung war früher der klassische Güterstand der Vermögenden. Durch die Gütertrennung wurde einerseits der Betrieb von Eherisiken und andererseits das Vermögen des nicht unternehmerisch tätigen Ehegatten von den Risiken aus der Firma abgeschirmt. Der Güterstand der Gütertrennung ist dadurch gekennzeichnet, dass es zwischen den Ehegatten keinerlei güterrechtliche Beziehung gibt. Diese stehen sich vermögensrechtlich wie Unverheiratete gegenüber. Jeder Ehegatte verwaltet sein Vermögen allein und kann darüber unbeschränkt verfügen. Bei Beendigung des Güterstands haben die Ehegatten keine güterrechtlichen Ausgleichsansprüche.
Der Güterstand der Gütertrennung ist gleichwohl mit einer ganzen Reihe von Nachteilen behaftet. So führt die Gütertrennung aufgrund von § 1931 Abs. 4 BGB im Vergleich zur Zugewinngemeinschaft beim Vorhandensein von zwei oder mehr Kindern dazu, dass sich die Erb- und Pflichtteilsansprüche der Ehegatten verringern und die der Abkömmlinge erhöhen. Stehen drei ehelichen Kindern bei Zugewinngemeinschaft maximal 25 % zu, so erhöht sich die Pflichtteilsquote bei Gütertrennung auf 37,5 %. Im Übrigen steht dem überlebenden Ehegatten nicht der steuerliche Freibetrag nach § 5 Abs. 1 ErbStG in Höhe der fiktiven Zugewinnausgleichsforderung zu. Durch die Vereinbarung der Gütertrennung begeben sich die Ehegatten im Übrigen der Möglichkeit, in der Zukunft den güterrechtlichen Ausgleich nach § 1372 Abs. 2 BGB herbeizuführen und dabei auch die erbschaftsteuerlichen Vergünstigungen des § 5 Abs. 2 ErbStG in Anspruch nehmen zu können.
Das Nichtbestehen eines Anspruchs auf Zugewinnausgleich benachteiligt im Übrigen Ehegatten, die während des Bestehens der Ehe keine eigenen Einkünfte erzielt haben, weil sie sich der Erziehung der Kinder oder der Führung des gemeinsamen Haushalts widmeten und daher auch kein eigenes Vermögen bilden konnten. Eine solche Benachteiligung ergibt sich erst recht, wenn bei Vereinbarung der Gütertrennung nicht gleichzeitig auch der Versorgungsausgleich ausgeschlossen wird. Hat der nicht unternehmerisch tätige Ehegatte dem Versorgungsausgleich unterliegende Ansprüche auf Altersversorgung erworben, der unternehmerisch tätige Ehegatte dagegen nicht, weil er stattdessen durch den Abschluss einer Lebensversicherung oder Bildung von Vermögen vorgesorgt hat, so kann dies dazu führen, dass der nicht vermögende Ehegatte im Rahmen des Versorgungsausgleichs die Hälfte seiner Versorgungsansprüche an den Ehegatten übertragen muss.