Auch bei der Personengesellschaft unterliegt die Veräußerung einzelner Grundstücke nach § 1 Abs. 1 Nr. 1 oder Nr. 2 GrEStG der Grunderwerbsteuer. Anders als bei der GmbH sind Veräußerungen aber steuerfrei, wenn sie zwischen Ehegatten und Lebenspartnern (§ 3 Nr. 4 GrEStG) oder zwischen Verwandten in gerader Linie (§ 3 Nr. 6 GrStG) vorgenommen werden. Anteile an Personengesellschaften können – wie GmbH-Anteile – grundsätzlich grunderwerbsteuerfrei übertragen werden, während die Übertragung von Miteigentumsanteilen an Grundstücken regelmäßig Grunderwerbsteuer auslösen würde. Ebenso wie bei der GmbH führt aber auch bei der Personengesellschaft die oben dargestellte "Anteilsvereinigung in einer Hand" iSd § 1 Abs. 3 GrEStG zum Anfall von Grunderwerbsteuer.
Da in den Fällen der Anteilsvereinigung ein Eigentumsübergang von der Gesellschaft fingiert wird, sind die Befreiungstatbestände der § 3 Nr. 4 und Nr. 6 GrEStG im Fall des § 1 Abs. 3 Nr. 1 und Nr. 2 GrEStG nicht anzuwenden. Anders als bei einer GmbH kann die Übertragung von Personengesellschaftsanteilen überdies zu einer Besteuerung nach § 1 Abs. 2 a GrEStG oder nach § 5 Abs. 3 GrEStG führen.
Nach § 1 Abs. 2 a GrEStG ist von der steuerpflichtigen Übereignung des Grundstücks auf eine neue Personengesellschaft auszugehen, wenn sich der Gesellschafterbestand innerhalb von fünf Jahren dergestalt ändert, dass mindestens 95 % der Anteile am Gesellschaftsvermögen auf neue Gesellschafter übergehen, wobei diese nicht miteinander verbunden sein müssen.
Nach § 5 Abs. 3 GrEStG ist der dargestellte Befreiungstatbestand des § 5 Abs. 2 GrEStG insoweit nicht anzuwenden, als sich der Anteil des Veräußerers am Vermögen der Gesamthand innerhalb von fünf Jahren nach dem Übergang des Grundstücks auf die Gesamthand vermindert. Allerdings greift dieser Missbrauchstatbestand bei einer Anteilsschenkung nicht ein, da die objektive Möglichkeit einer Steuerumgehung dann ausscheidet. Sowohl § 1 Abs. 2 a GrEStG als auch § 5 Abs. 3 GrEStG finden überdies keine Anwendung, soweit die Befreiungen nach § 3 Nr. 4 oder Nr. 6 GrEStG eingreifen.
Die Befreiungstatbestände des § 3 Nr. 4 und Nr. 6 können überdies in Anspruch genommen werden, wenn die Personengesellschaft beendet werden soll. Denkbar ist bei einer Personengesellschaft auch eine grunderwerbsteuerfreie Auseinandersetzung der Gesellschaft nach § 7 Abs. 2 S. 2 GrEStG: Wird ein Grundstück, das einer Gesamthand gehört, von den an der Gesamthand beteiligten Personen flächenweise geteilt, so wird die Steuer nicht erhoben, soweit der Wert des Teilgrundstücks, das der einzelne Erwerber erhält, dem Anteil entspricht, zu dem er am Vermögen der Gesamthand beteiligt ist. Die Bestimmung findet auf eine GmbH keine Anwendung.