Auch im Verfahren zwischen Arbeitgeber und Krankenkasse können Störfälle auftreten. Hierbei ist durch die Arbeitgeber zu beachten, dass Arbeitnehmer ihrer gesetzlichen Verpflichtung oftmals nachgekommen werden und die Information des Arbeitgebers sowie den Arztbesuch durchgeführt haben und damit einer Entgeltfortzahlungsverpflichtung nichts entgegensteht. Ziel muss es daher sein, die Störfälle auf ein Mindestmaß zu reduzieren, damit eventuelle arbeitsrechtliche Konsequenzen nur in tatsächlich gerechtfertigten Fällen erfolgen.
Den umfangreichste Störfall nimmt hierbei Meldegrund "4 = eAU liegt nicht vor" ein, weil jedwedes Nichtvorliegen einer eAU bei der Krankenkasse hiermit abgebildet wird, es aber vielfältige Gründe haben kann. Ziel des eAU-Verfahrens mit den Arbeitgebern ist es daher, möglichst umfangreich Rückmeldungen mit Meldegrund "4" zu vermeiden. Hierzu ist im ersten Schritt immer vom Arbeitgeber zu prüfen, ob es sich um eine abruffähige Fehlzeit handelt und demnach ein Abruf der eAU bei der Krankenkasse wirklich sinnvoll ist. Nur wenn der Arbeitnehmer mitteilt, dass eine AU-Zeit eines Vertragsarztes, Vertragszahnarztes, Unfallarztes, eine stationäre Krankenhauszeit oder Reha- oder Vorsorgeleistung vorliegt, ist der Abruf zulässig. Hierbei ist zu beachten, dass Zeiten für Aufenthalte in einem Krankenhaus oder einer Reha- oder Vorsorgeeinrichtung zu Lasten der Unfallversicherung aktuell noch nicht übermittelt werden können, weil diese Daten den Krankenkassen noch nicht vorliegen. Auch Verzögerungen, z. B. durch auftretende Störfälle im Verfahren zwischen Ärzten und Krankenkassen, führen zudem aufgrund zu erwartbaren Verzögerungen bei der Übermittlung an den Arbeitgeber und damit zu vielfältigen Rückmeldungen mit Grund "4". Ein späterer Abruf der eAU-Daten vom Arbeitgeber kann daher dazu führen, die Anzahl der Rückmeldungen mit fehlenden eAU-Daten zu reduzieren.
Wurde die Krankenkasse gerade gewechselt, kann dies ein weiterer Anhaltspunkt für den Arbeitgeber sein, warum die eAU noch nicht bei der Krankenkasse vorlag. In diesem Zusammenhang meldet die Krankenkasse mit "9 = Weiterleitungsverfahren", dass die Arbeitgeberanfrage auch an die vorhergehend zuständige Krankenkasse weitergeleitet wurde, welche ebenfalls das Vorliegen von Abwesenheitsdaten prüft. Hintergrund ist, dass wegen der fehlenden eAU Daten davon auszugehen sein wird, dass dem Arzt noch die falsche Krankenversicherungskarte vorgelegt wurde oder dem Arbeitgeber selbst falsche Daten beim Abruf vorlagen. Hier ist bei fehlender Rückmeldung von eAU-Daten auch durch die bisher zuständige Krankenkasse eine Prüfung mit dem Arbeitnehmer sinnvoll.
Verändern sich Daten, die bereits durch die Krankenkasse übermittelt wurden, weil z. B. der Arzt bei der Dauer der Arbeitsunfähigkeit einen Erfassungsfehler hatte, werden die dann bei der Krankenkasse aktualisierten Daten dem Arbeitgeber ohne erneute Anforderung übermittelt und der bisherige Datensatz storniert.