Pauschalausgleich darf nicht zu Steuererstattung führen: Die Sonderregelung für Pauschallandwirte beruht auf der Fiktion, dass – gesamtwirtschaftlich betrachtet – die tatsächliche Vorsteuerbelastung aller Pauschallandwirte und der ihnen insgesamt gezahlte Pauschalausgleich übereinstimmen. Die Pauschallandwirte dürfen in ihrer Gesamtheit durch den Pauschalausgleich keine Umsatzsteuererstattungen erhalten, die über ihre tatsächliche Vorsteuerbelastung hinausgehen. Wäre das der Fall würde ein Mitgliedstaat seinen Pauschallandwirten unzulässige Beihilfen gewähren und damit gegen Unionsrecht verstoßen. Ein solcher Verstoß könnte ein entsprechendes Verfahren der EU-Kommission auslösen.
Die vorstehend angesprochene Fiktion bedeutet aber auch: Die entsprechenden Daten aller Pauschallandwirte – egal, ob sie einen kleinen oder großen landwirtschaftlichen Betrieb bewirtschaften – fließen in die Berechnungsmethode ein. Es sei denn, der Landwirt macht von der Regelung nach § 24 Abs. 4 Gebrauch. Die Inanspruchnahme der Option zur Regelbesteuerung würde jedoch für die betroffenen Landwirte Belastungen wegen spezieller Buchführungs- und Steuerpflichten sowie eine zeitliche Festlegung gegenüber dem Finanzamt mit sich bringen, die durch die Entscheidung zugunsten der Pauschalregelung weitgehend vermieden werden.
Es liegt auf der Hand, dass – bedingt durch die strukturellen Unterschiede der landwirtschaftlichen Betriebe – bei ihnen die Vorsteuerbelastungen in der Höhe voneinander abweichen. Die großen landwirtschaftlichen Betriebe können von der Pauschalregelung steuerlich profitieren, weil ihre umsatzsteuerliche Belastung aufgrund der von ihnen bezogenen Gegenstände und Dienstleistungen möglicherweise unter dem festgelegten Durchschnittssatz von 9,5 % liegen dürfte. D.h., bei ihnen fällt der steuerliche Saldo zu ihren Gunsten aus. Begründbar ist diese Wirkung damit, dass die großen landwirtschaftlichen Betriebe wegen ihres überdurchschnittlichen Bedarfs an Vorleistungen einen höheren Preis-Mengenrabatt bei ihren Lieferanten aushandeln können als die kleinen und mittleren landwirtschaftlichen Betriebe. Der Beweis für diese Hypothese ergibt sich allein schon aus der Tatsache, dass es laut Finanztableau zum Gesetzentwurf zu Steuermehreinnahmen in dem Kassenjahr 2022 mit 80 Mio. EUR und in den Kassenjahren 2023 bis 2025 mit jeweils 95 Mio. EUR kommen soll. Steuermehreinnahmen für den Fiskus bedeuten im Umkehrschluss, dass ein Teil der pauschalierenden Betriebe umsatzsteuerlich mehrbelastet wird. Das können in diesem Fall aus den erklärten Gründen nur die kleineren landwirtschaftlichen Betriebe sein (s. dazu auch die Stellungnahme unter IV. der Vertreterin der Arbeitsgemeinschaft bäuerliche Landwirtschaft). Diese unterschiedlichen Auswirkungen nimmt der Gesetzgeber bei der Pauschalierungsregelung in Kauf.