Wurde ein IKS implementiert oder wird dies geplant, ist zu klären, inwieweit die damit angestrebten Vorteile rechtsverbindlich eintreten. Dabei sollten die Unternehmen zumindest nach den im BMF Schreiben vom 23.5.2016 aufgestellten Grundsätzen darauf vertrauen können, dass sie aufgrund der Einrichtung und Aufrechterhaltung eines IKS auch von der daraus hervorgehenden Indizwirkung profitieren können, die gegen die Annahme von Vorsatz oder Leichtfertigkeit im Steuerstrafverfahren spricht. Darüber hinaus dürfte sich dieser Umstand auch bei der Bemessung von Bußgeldhöhen nach der BGH-Rechtsprechung und natürlich einer zivilrechtlichen Haftungsbeschränkung vorteilhaft auswirken.
Die Finanzbehörden sind an die Bestimmung des AEAO gebunden. Da der AEAO jedoch keine Mindestanforderungen für ein IKS bestimmt, haben die Finanzämter einen weiten Spielraum bei der Anerkennung unternehmensindividueller Systeme. Es gilt allerdings zu beachten, dass darüber hinaus weder Gerichte noch andere Behörden außerhalb der Finanzverwaltung an den AEAO gebunden sind.
Abhilfe schafft zumindest in Teilen das sog. DAC 7-UmsG, in dessen Rahmen gesetzlich verbriefte Vorteile für die Implementierung eines TCMS im Hinblick auf steuerliche Außenprüfungen geschaffen wurden. Das DAC 7-UmsG führte die Änderung bzw. Ergänzung in Art. 97 §§ 37, 38 EGAO ein, wonach das TCMS eines Unternehmens Einfluss auf die Art und den Umfang der Ermittlungen in einer Außenprüfung hat. Die jeweiligen Prüfer sollen im Rahmen der Außenprüfungen die Wirksamkeit der Steuerkontrollsysteme gesondert feststellen können. Ausweislich von § 38 Abs. 2 EGAO umfassen diese Systeme alle innerbetrieblichen Maßnahmen, die gewährleisten, dass die Besteuerungsgrundlagen zutreffend aufgezeichnet und berücksichtigt werden sowie die hierauf entfallenden Steuern fristgerecht und vollständig abgeführt werden. Dies dürfte neben einer laufenden Aufzeichnung der steuerlichen Risiken als Mindestanforderung an ein wirksames TCMS gestellt werden.
Soweit die Wirksamkeit durch den Außenprüfer und kein bzw. ein nur unbeachtliches steuerliches Risiko festgestellt werden, räumt die Neuregelung die Möglichkeit ein, auf Antrag des Steuerpflichtigen die nächste Außenprüfung auf Schwerpunkte zu begrenzen. Bis zum Ablauf der temporär begrenzten Regelung (Ende 2029) will die Finanzverwaltung diese Überprüfung der Steuerkontrollsysteme evaluieren.
Darüber hinaus bleibt dem Steuerpflichtigen immer noch die Prüfung durch fachkundige Dritte, also Steuerberater und/oder Wirtschaftsprüfer. Diese Prüfung sollte auf Basis eines anerkannten Berufsstandards erfolgen, ein solcher ist z. B. der IDW PS 980, zuletzt als n. F. von 09.2022.