In der Praxis wird häufig vereinbart, dass der Lizenznehmer die beim Einsatz der Lizenz von ihm gewonnenen Erfahrungen bzw. entstandenen immateriellen Wirtschaftsgüter an den Lizenzgeber zu übermitteln bzw. zu übertragen hat. Hierfür wird regelmäßig kein gesondertes Entgelt vereinbart. Dies kann dazu führen, dass der wirtschaftliche Wert der Lizenz für den Lizenznehmer deutlich geringer ist.
Z. T. werden sog. Globallizenzen vereinbart, die mehrere bzw. alle überlassenen immateriellen Wirtschaftsgüter vergüten sollen. Hingegen will das BMF die Zusammenfassung von mehreren immateriellen Wirtschaftsgütern nur dann zulassen, wenn sie "technisch und wirtschaftlich eine Einheit bilden".[1]
Probleme können im Verhältnis zu Entwicklungs- und Schwellenländern entstehen. Nach dem Recht einzelner Staaten gibt es Beschränkungen hinsichtlich der Zahlungen für Lizenzen. Die deutsche Finanzverwaltung hat den Vorteilsausgleich ausgeweitet.[2] Danach sollen sich Betriebsprüfungen unter näher genannten Voraussetzungen, auf die Prüfung des Waren- und Leistungsverkehrs beschränken. Insofern wird fingiert, dass sich die Nichtzahlung von Lizenzen durch andere Vorteile ausgleicht.
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