Beim Arbeitslohn, den französische Grenzgänger von einem inländischen Arbeitgeber erhalten, darf auch bei Vorliegen der Voraussetzungen der Grenzgängerregelung der Lohnsteuerabzug nur unterbleiben, wenn dem Arbeitgeber eine Freistellungsbescheinigung vorliegt. Diese wird auf Antrag des Arbeitnehmers oder Arbeitgebers vom jeweiligen Betriebsstättenfinanzamt mit dem Inhalt ausgestellt, dass der Arbeitslohn nicht der deutschen Lohnsteuer unterliegt.
Fehlt es an der formellen Voraussetzung der Freistellungsbescheinigung, ist der inländische Arbeitgeber zur Vornahme des Lohnsteuerabzugs verpflichtet. Dasselbe gilt, wenn der französische Arbeitnehmer die Grenzgängereigenschaft nicht erfüllt, etwa weil er außerhalb der Grenzzone seiner Arbeitstätigkeit nachgeht oder die 45-Tage-Regelung dem entgegensteht. Die Lohnsteuer berechnet sich nach den Grundsätzen der beschränkten Steuerpflicht. Als französischer Einpendler kann aber auch die Besteuerung nach den günstigeren Regeln der unbeschränkten Steuerpflicht infrage kommen, wenn der Arbeitnehmer sein Einkommen zu mehr als 90 % im Inland verdient.
Deutsche Grenzgänger werden im Rahmen der Wohnsitzstaatbesteuerung im Wege des Veranlagungsverfahrens zur Einkommensteuer herangezogen. Frankreich kennt eine der Lohnsteuer vergleichbare Abzugsteuer nicht, sodass eine Anrechnung auf die deutsche Einkommensteuer im Rahmen der Jahressteuererklärung ausscheidet.
Erfüllt der deutsche Grenzgänger nicht die Voraussetzungen der Grenzgängerregelung, steht das alleinige Besteuerungsrecht dem französischen Staat zu. Der Arbeitnehmer hat zu diesem Zweck in Frankreich eine Steuererklärung abzugeben. Die Steuerfreistellung des in Frankreich bezogenen Arbeitslohns schließt es nicht aus, diese ausländischen Einkünfte bei der Ermittlung des Steuersatzes zu berücksichtigen, wenn im Inland wegen anderer einkommensteuerpflichtiger Einkünfte eine Veranlagung durchgeführt wird.
Sonderregelungen bestehen für Arbeitnehmer im öffentlichen Dienst. Erfolgt die Entlohnung aus einer öffentlichen Kasse, sind die bestehenden Grenzgängerregelungen ohne Bedeutung. Das Besteuerungsrecht steht in diesen Fällen dem Kassenstaat zu (Kassenklausel). Das neu gefasste deutsch-französische Doppelbesteuerungsabkommen, wonach Beschäftigte von inländischen Krankenhäusern, Kindergärten, Schulen und Universitäten unter die Kassenklausel und nicht mehr unter die Grenzgängerregelung fallen, wenn sie die deutsche Staatsangehörigkeit besitzen und in der Grenzzone wohnen und arbeiten, ist für Besteuerungszeiträume ab 1.1.2016 anzuwenden.