Die Mindeststeuer für ein Geschäftsjahr entsteht mit Ablauf des Kalenderjahres, in dem das jeweilige Geschäftsjahr endet; der Besteuerungszeitraum umfasst das Kalenderjahr. Grundsätzlich ist jede nach § 1 MinStG steuerpflichtige Geschäftseinheit zur Abgabe der Mindeststeuer-Erklärung verpflichtet. Um das Verfahren zu zentralisieren, sieht das Mindeststeuergesetz als deutsche "Erfindung" jedoch die Einführung einer Mindeststeuergruppe vor, die alle inländischen Geschäftseinheiten einer Unternehmensgruppe umfasst.
In der Mindeststeuergruppe ist ausschließlich der Gruppenträger (z. B. eine oberste Muttergesellschaft oder eine in Deutschland belegene zwischengeschaltete Muttergesellschaft) für die elektronische Abgabe der Steuererklärung für die Gruppe beim zuständigen Finanzamt verantwortlich. Für die Abgabefrist gelten grundsätzlich die allgemeinen Bestimmungen der Abgabenordnung. Allerdings endet die Frist zur Abgabe der Mindeststeuer-Erklärung nach gesonderter Gesetzesregelung im MinStG nicht vor Ablauf der Frist zur Übermittlung des Mindeststeuer-Berichts. Aufgrund dieser Ablaufhemmung ist die Mindeststeuer-Erklärung bei kalenderjahrgleichem Geschäftsjahr 2024 (erstes Mindeststeuer-Jahr) erst bis zum 30.6.2026 zu übermitteln. Bei der Mindeststeuer-Erklärung müssen die Unternehmen selbst gem. § 95 Abs. 1 Satz 1, 2 MinStG die fällige Steuer berechnen (Steueranmeldung); die Steuererklärung ist nach amtlich vorgeschriebenem Datensatz elektronisch über die amtlich bestimmte Schnittstelle zu übermitteln. Die Steuer ist einen Monat nach der Erklärungsabgabe fällig und bis dahin zu entrichten.
Bei verspäteter Abgabe kann eine Festsetzung von Verspätungszuschlägen erfolgen. Nach § 3 Abs. 6 MinStG sind die Geschäftseinheiten, deren Ergänzungssteuerbeträge dem Gruppenträger zugerechnet werden, der zahlenden Geschäftseinheit gegenüber zivilrechtlich zum (anteiligen) Ausgleich verpflichtet. Steuererstattungen an den Gruppenträger sind von diesem gegenüber den Geschäftseinheiten auszugleichen, soweit sie auf diese entfallen.
Neben der Mindeststeuer-Erklärung muss jede Geschäftseinheit (oder eine Geschäftseinheit im Auftrag für die Unternehmensgruppe) grundsätzlich einen Mindeststeuer-Bericht gem. § 75 MinStG elektronisch beim Bundeszentralamt für Steuern (BZSt) einreichen. Bei dieser Verpflichtung handelt es sich um eine Mitwirkungspflicht i. S. des § 93 AO; der Bericht stellt weder eine Steuererklärung noch einen Grundlagenbescheid dar. Nach § 76 MinStG muss der Mindeststeuer-Bericht umfassende Informationen zur Unternehmensgruppe und alle für die Berechnung des effektiven Steuersatzes und der Ergänzungssteuerbeträge notwendigen Informationen enthalten; er ist gem. § 75 Abs. 3 MinStG für das erste Jahr der Mindeststeuerpflicht 18 Monate, danach 15 Monate nach Ablauf des Geschäftsjahres an das BZSt zu übermitteln. Bei kalendergleichem Geschäftsjahr endet die Abgabefrist für das Geschäftsjahr 2024 (erstes Mindeststeuer-Jahr) somit am 30.6.2026. Sofern eine beauftragte Geschäftseinheit der Übermittlungspflicht nicht fristgerecht nachkommt, haben die übrigen Geschäftseinheiten ihre Abgabeverpflichtung innerhalb eines Monats nach Kenntnis von der Nichtübermittlung zu erfüllen. Die Verpflichtung zur Abgabe kann unter bestimmten Bedingungen entfallen, z. B. wenn bereits eine gebietsfremde oberste Muttergesellschaft einen Mindeststeuer-Bericht in ihrem Belegenheitsstaat abgegeben hat und ein Austausch durch den jeweiligen Belegenheitsstaat mit der zuständigen deutschen Behörde stattfinden kann.
Die Pflicht zur Abgabe des Mindeststeuer-Berichts (§ 75 MinStG) und die Steuererklärungspflicht (§ 95 MinStG) stehen selbstständig nebeneinander.