Die Durchführung der Due Diligence erfolgt i. d. R. durch interdisziplinäre Beraterteams mit Experten aus den Bereichen Recht, Steuern und Unternehmensberatung, die im Idealfall über fundiertes Branchen-Know-how verfügen. Aufgrund der Komplexität der einzelnen Themen sollten Betroffene immer einen Zeitraum von mehreren Monaten einplanen, in denen sie immer wieder eingebunden werden bzw. Informationen bereitstellen müssen.
Neben der Erfassung allgemeiner Marktdaten startet eine Due Diligence-Prüfung üblicherweise durch Übersendung von Anforderungslisten an das Zielunternehmen bzw. dessen Berater. Die Listen dienen der Vorbereitung der Due Diligence aufseiten des Zielunternehmens, das die erforderlichen in den Listen angeforderten Dokumente zur Verfügung zu stellen hat.
In der Vergangenheit war es der Regelfall, dass die Dokumente in einem Datenraum mit physisch zu prüfenden Unterlagen zur Verfügung gestellt wurden. Dieser war in aller Regel als Präsenzdatenraum beim Zielunternehmen ausgestaltet. Im Einzelfall konnten Kopien bestimmter Dokumente angefertigt werden. Dieses Verfahren wird zunehmend durch elektronische sog. virtuelle Datenräume abgelöst, in welche die vom Due Diligence-Team angeforderten Unterlagen eingestellt und zur Online-Betrachtung bereitgestellt werden. Dabei ermöglichen digitale Kommunikationsplattformen den sicheren Zugang zu vertraulichen Dokumenten sowie deren Austausch mit Dritten über die Unternehmens- und Ländergrenzen hinweg. Auch wenn unter Effizienz-Gesichtspunkten der elektronische Datenraum vorteilhaft erscheint, liegt der Vorteil eines Präsenzdatenraums – jedenfalls wenn er in den Räumen des Zielunternehmens eingerichtet wird – sicherlich darin, dass die Berater einen persönlichen Eindruck vom Unternehmen gewinnen können, der nicht unterschätzt werden sollte.
Der Umfang der Prüfungshandlungen erstreckt sich zunächst auf die Überprüfung der zur Verfügung gestellten Unterlagen. Darüber hinaus werden abhängig vom definierten Umfang der Due Diligence bzw. abhängig von der beabsichtigten Transaktion andere z. B. öffentlich über Handels- und Unternehmensregister abrufbare Verträge, Urkunden oder Dokumente recherchiert oder auf anderem Wege Nachforschungen angestellt. Die Ergebnisse werden in einem sogenannten Due Diligence-Bericht dem jeweiligen Auftraggeber zur Verfügung gestellt.