Als weitere Voraussetzung muss der Organträger in der Weise an der Organgesellschaft beteiligt sein, dass ihm die Mehrheit der Stimmrechte zusteht. Hierbei wird auf die Anteile an den Stimmrechten abgestellt, nicht auf die kapitalmäßige Beteiligung. Zwar wird dies meist übereinstimmend sein, liegen aber z. B. Vorzugsaktien vor, kann dies in der Praxis differieren. Zudem kann eine ggf. gesellschaftsvertraglich abweichend geregelte qualifizierte Stimmrechtszahl, z. B. 2/3, maßgebend sein.
Möglich ist es aber, dass eine unmittelbare und eine mittelbare Beteiligung zusammengerechnet werden, sofern die Beteiligung an jeder vermittelnden Gesellschaft ebenfalls eine Stimmrechtsmehrheit gewährt (Mehrheitsbeteiligung auf jeder Stufe).
Ausreichende mittelbare Beteiligung
Die M-GmbH ist zu 51 % an der T-GmbH beteiligt. Diese ist ihrerseits zu 60 % an der E-GmbH beteiligt, die M-GmbH hält direkt 30 % an der E-GmbH.
Zwischen der M- und der E-GmbH kann ein Organschaftsverhältnis begründet werden, da die erforderliche Mehrheit der Stimmrechte [30 % + (51 % v. 60 %)] gesichert ist.
Nicht ausreichende mittelbare Beteiligung
Die M-GmbH ist zu 48 % an der T-GmbH beteiligt. Diese ist ihrerseits zu 50 % an der E-GmbH beteiligt, die M-GmbH hält direkt 30 % an der E-GmbH.
Zwischen der M- und der E-GmbH kann kein Organschaftsverhältnis begründet werden. Zwar verfügt die M zusammengefasst über die Mehrheit der Stimmrechte [30 % + (48 % v. 50 %)], jedoch hat die M-GmbH an der T-GmbH als vermittelnde Gesellschaft nicht die Mehrheit der Stimmrechte, sondern nur 48 %.
Die finanzielle Eingliederung erfordert zudem, dass die Organgesellschaft ab Beginn bis zum Ende des Wirtschaftsjahrs ununterbrochen finanziell in den Organträger eingegliedert war. Dem Organträger muss damit während des gesamten Wirtschaftsjahrs die Mehrheit der Stimmrechte zustehen.
Personengesellschaft als Organträger
Soll eine Personengesellschaft Organträger sein, ist zu beachten, dass eine finanzielle Eingliederung im Verhältnis zur Personengesellschaft selbst gegeben sein muss. Das heißt, dass die Gesellschaftsanteile an der Organgesellschaft im Gesamthandsvermögen liegen müssen; Stimmrechte aus Anteilen im Sonderbetriebsvermögen sind nicht ausreichend.
Rückwirkende Umwandlung
Ein Sonderproblem stellt der Fall einer durch rückwirkende Umwandlung der (späteren) Organgesellschaft zu begründenden Organschaft dar. Eine Umwandlung kann nach § 20 Abs. 8 UmwStG mit bis zu 8 Monaten Rückwirkung erfolgen. Die Finanzverwaltung lehnte aber zunächst eine Übertragung dieser Rückwirkung auf eine Organschaft ab. Der BFH sah dies anders und bejahte eine Rückbeziehung auf den steuerlichen Übertragungsstichtag auch zur finanziellen Eingliederung. Auch für Fälle einer Abspaltung, Ausgliederung oder Einbringung eines Teilbetriebs hat der BFH eine rückwirkende Begründung einer Organschaft anerkannt. Im UmwSt-Erlass wird dies nunmehr von der Finanzverwaltung akzeptiert, sofern sich eine Rückwirkung aus § 2 UmwStG oder § 20 Abs. 5 und 6 UmwStG ergibt.
Keine Rückwirkung bei Anteilstausch
Wird eine Mehrheitsbeteiligung in eine Tochtergesellschaft eingebracht, sog. Anteilstausch, kommt es nach § 21 UmwStG zu keiner steuerlichen Rückwirkung. In diesen Fällen kann eine Organschaft somit erst ab Beginn des nächsten Wirtschaftsjahrs begründet werden.