Der nach § 5a ermittelte Gewinn gilt als Gewerbeertrag nach § 7 Satz 1 GewStG. Dies regelt § 7 Satz 3 GewStG ausdrücklich. Deshalb finden Hinzurechnungen nach § 8 GewStG nicht statt. Eine Verrechnung mit Verlusten nach § 10a GewStG ist aber zulässig.
Ferner ist die Kürzungsbestimmung des § 9 Nr. 3 GewStG zu beachten. Bei Handelsschiffen im internationalen Verkehr gelten nach dieser Norm 80 % als im Ausland bezogen, sodass in dieser Höhe grundsätzlich eine Kürzung des Gewerbeertrags erfolgt. Das BMF-Schreiben zu § 5a EStG erklärt allerdings § 9 Nr. 3 GewStG in vollem Umfang für nicht anwendbar. Der Gewinn aus der Auflösung des Unterschiedsbetrags nach § 5a Abs. 4 Satz 3 EStG unterliegt der Gewerbesteuer, auch wenn der Betrieb im Zusammenhang mit der Veräußerung des Schiffes aufgegeben wird. Umstritten war und ist teilweise noch, ob § 9 Nr. 3 GewStG auf den Ertrag aus der Auflösung des Unterschiedsbetrags anzuwenden ist oder nicht. Der BFH hat zunächst entschieden, dass § 9 Nr. 3 GewStG nicht gelten soll, also keine Kürzung um 80 % erfolgt. Dies gilt zumindest für die Auflösung von Unterschiedsbeträgen während der Gewinnermittlung nach der Tonnage. Nach der Rechtsprechung des FG Hamburg gilt dieser Ausschluss der Anwendung des § 9 Nr. 3 GewStG auch im Hinblick auf den Unterschiedsbetrag, der nach einer Rückoption des Steuerpflichtigen zur herkömmlichen Gewinnermittlung aufgelöst wird.
Der BFH hat diese Entscheidungen des FG Hamburg allerdings nicht bestätigt und seine bisherige Rechtsprechung ausdrücklich aufgegeben, sodass eine Kürzung nach § 9 Nr. 3 GewStG insoweit in Betracht kommen soll. Gesetzgeber und Finanzverwaltung waren allerdings nicht bereit, diese Rechtsprechungsänderung zu akzeptieren. Durch das Gesetz zur weiteren steuerlichen Förderung der Elektromobilität und zur Änderung weiterer steuerlicher Vorschriften wurde deshalb § 7 Satz 3 GewStG in einer Weise geändert, die sicherstellen soll, dass keine Kürzung nach § 9 Nr. 3 GewStG hinsichtlich des Ertrags aus der Auflösung des Unterschiedsbetrages erfolgt. Besondere Brisanz erlangt diese Gesetzesänderung dadurch, dass es sich nach Ansicht des Gesetzgebers um eine reine Klarstellung handelt, die rückwirkend ab 2008 gilt. Der BFH hat allerdings die Auffassung vertreten, dass keine verfassungsrechtlichen Bedenken an der rückwirkenden Gesetzesänderung bestehen. t Leider hat der BFH diese Entscheidung aus dem Verfahren des einstweiligen Rechtsschutzes im Hauptsacheverfahren bestätigt und keine Bedenken an der Verfassungsmäßigkeit der rückwirkenden Gesetzesänderung gesehen. Die Begründung des BFH erscheint indes angreifbar. Weiterer Streit scheint vorprogrammiert. Erst eine abschließende Entscheidung des Bundesverfassungsgerichts wird hier vermutlich letzte Rechtssicherheit schaffen.
Eine weitere besonders wichtige Thematik stellt derzeit der sog. Schiffshandel dar. Es handelt sich hierbei um eine vom BFH "entwickelte" Rechtsfigur, bei der angenommen wird, dass niemals der Betrieb eines Handelsschiffs im internationalen Verkehr gewollt war, sondern vielmehr der Handel mit Schiffen. Grundlegend für den Schiffshandel sind 2 Entscheidungen des BFH vom 26.9.2013, in denen der zuständige Senat des BFH die Rechtsfigur des Schiffshandels geschaffen hat. In der Zwischenzeit hat der BFH weitere Entscheidungen zum Schiffshandel veröffentlicht.
Der Rechtsgedanke des BFH ist dabei der, dass zwar aus dem Gesetz eine Mindestbetriebsdauer für den Betrieb des Handelsschiffs vor dem Verkauf nicht ersichtlich ist. Der BFH sieht aber eine Absicht zum langfristigen Betrieb von Handelsschiffen als Voraussetzung für die Anwendung der Gewinnermittlung nach der Tonnage als ungeschriebenes Tatbestandsmerkmal des § 5a EStG an. Es ergebe sich aus den Gesetzesmaterialien, dass durch die Tonnagesteuer eine langfristige Bindung an den Standort Deutschland erfolgen solle. Eine solche langfristige Bindung sei regelmäßig dann anzunehmen, wenn das Schiff vor der Veräußerung länger als 1 Jahr betrieben wird. Bei einem Betrieb von unter 1 Jahr sei zwar die Anwendung des § 5a EStG nicht grundsätzlich ausgeschlossen, doch liege dann die Beweislast beim Steuerpflichtigen, dass er tatsächlich einen längerfristigen Betrieb gewollt habe, der dann aber nicht realisiert worden sei. Wird hingegen das Schiff bereits vor der Ablieferung wieder weiter verkauft, kann nach Ansicht des BFH der Nachweis der Absicht zu einem längerfristigen Betrieb nicht geführt werden. Die Finanzverwaltung hat die Rechtsprechung des BFH übernommen.
Zu den Auswirkungen der Tonnagesteuer auf die Körperschaftsteuer, allerdings noch nach dem Anrechnungsverfahren, hat sich das BMF geäußert.
Im neuen Tonnagesteuerlass finden sich jetzt ebenfalls Ausführungen zur Körperschaftsteuer.