Neben den 3 vorstehend dargestellten Standardmethoden gibt es verschiedene andere Methoden der Verrechnungspreisbestimmung, die aber in Deutschland nicht als besonders üblich anzusehen sind. Gleichwohl kann es sich im Einzelfall anbieten, die entsprechenden Methoden zur Verprobung eines Ergebnisses hinzuzuziehen. Diese übrigen Methoden sind im Ausland teilweise durchaus üblich, sodass es in jedem Fall sinnvoll ist, sie zu kennen. Da seit der Neufassung des § 1 AStG zudem kein gesetzlicher Vorrang der 3 Standardmethoden mehr besteht, kann nicht ausgeschlossen werden, dass die anderen Methoden zur Verrechnungspreisbestimmung zukünftig auch in Deutschland eine größere Bedeutung erlangen. In seinen Verwaltungsgrundsätzen aus dem Jahr 2021 nennt das BMF diese Methoden denn auch gleichberechtigt neben den 3 Standardmethoden.
1.3.1 Gewinnorientierte Methoden
Bei den beiden gewinnorientierten Methoden wird nicht vom Preis ausgegangen, sondern vom Gewinn des jeweiligen Geschäfts. Diese beiden Methoden werden grundsätzlich nicht von der Finanzverwaltung in Deutschland anerkannt, da zwischen fremden Dritten der Gewinn regelmäßig nicht die Basis für einen angemessenen Marktpreis sein wird.
1.3.1.1 Profit-Split-Methode
Bei dieser Methode wird der Gesamtgewinn, den die verbundenen Unternehmen aus einem Geschäft mit Dritten erzielt haben, aufgeteilt. Dabei ist der Aufteilungsmaßstab der jeweilige Mehrwert, der durch das Geschäft erzielt wird. Maßgeblich für die Aufteilung des Gewinns sind dabei die jeweils ausgeführte Funktion, das Risiko sowie die eingesetzten Mittel des Konzernunternehmens. Die Aufteilung kann dabei nach dem Gesamtgewinn erfolgen oder aber es kann eine Aufteilung in mehreren Stufen erfolgen. Positiv zu sehen ist, dass letztlich der Gewinn aufgeteilt wird, der im Verhältnis zu fremden Dritten erwirtschaftet wird. Allerdings ist problematisch, nach welchem Schlüssel letztlich die Aufteilung erfolgt. Anwendbar ist diese Methode in Deutschland nur subsidiär.
1.3.1.2 Transaktionsbezogene Netto-Margen-Methode
Die zweite gewinnorientierte Methode ist die transaktionsbezogene Netto-Margen-Methode, die international als Transactional Net Margin Method oder TNMM bezeichnet wird. Bei dieser wird die Gewinnmarge eines konzerninternen Geschäfts mit der eines Fremdgeschäfts untersucht. Diese Methode ähnelt somit der Kostenaufschlag- oder der Wiederverkaufspreismethode. Sie unterscheidet sich allerdings dahin gehend, dass bei dieser nicht von einem bestimmten Risiko oder einem bestimmten Gewinn ausgegangen wird. Der Nachteil für die Praxis ist vor allem der, dass es regelmäßig schwierig sein dürfte, Nettomargen eines Geschäfts genau zu ermitteln. Diese Methode ist in Deutschland nur dann anwendbar, wenn keine der Standardmethoden wegen des Fehlens von Fremdvergleichsdaten angewendet werden kann. Außerdem muss das Unternehmen eine sog. Routinefunktion ausüben.
1.3.2 Globale Aufteilungsmethoden
Die globalen Aufteilungsmethoden entsprechen nicht dem Fremdvergleichsgrundsatz, da diese bei der Aufteilung nicht an Geschäfte, sondern an Gesamtgrößen anknüpfen. Die Finanzverwaltung erkennt diese Methoden deshalb in Deutschland nicht an. Hingegen wird in den USA etwa die Gewinnvergleichsmethode (comparable profit method – CPM) durchaus anerkannt. Bei dieser Methode werden "profit level indicators" bei einer unabhängigen Gesellschaft ermittelt, die der Branche des geprüften Unternehmens entsprechen. Diese Indikatoren werden auf das abhängige Unternehmen angewandt, um sodann zu ermitteln, welchen Gewinn dieses Unternehmen bei Anwendung von Drittvergleichsgrundsätzen hätte erwirtschaften müssen.
Die zweite mögliche Aufteilungsmethode des Gewinns ist die globale Gewinnaufteilung. Bei dieser werden die Gewinne weltweit agierender Unternehmen nach bestimmten Formeln aufgeteilt. Es ist ersichtlich, dass es sich hierbei nur um eine grobe Aufteilung handeln kann. Letztlich kann diese Methode nur dann Anwendung finden, wenn weltweit halbwegs vergleichbare Maßstäbe gelten.