Anders als bei den nachrangigen Regeln der §§ 20, 23 EStG verhält es sich, wenn Anteile an einer Kapitalgesellschaft zu einem Betriebsvermögen gehören. Dann ist die Versteuerung nach §§ 13, 15, 16 bzw. 18 EStG stets vorrangig. § 17 EStG erfasst nur im Privatvermögen gehaltene Anteile.
7.1 Einzelunternehmen
Sind Anteile an einer Kapitalgesellschaft dem Betriebsvermögen eines Einzelunternehmens zuzurechnen, führt die Veräußerung der Anteile zu einem laufenden Gewinn des Betriebs. Hierfür gelten die allgemeinen steuerlichen Grundsätze entsprechend der jeweiligen Gewinnermittlungsart. Die Veräußerung fällt unter das Teileinkünfteverfahren, womit 40 % des Gewinns steuerfrei bleibt.
Eine Besonderheit stellt die Norm in § 16 Abs. 1 Nr. 1 Satz 2 EStG dar. Darin ist geregelt, dass die Veräußerung einer 100 %igen Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft der Veräußerung eines Teilbetriebs gleichgestellt wird. Damit ist der Veräußerungsgewinn kein laufender betrieblicher Gewinn, sondern gilt als begünstigter Veräußerungsgewinn, für den ggf. der Freibetrag nach § 16 Abs. 4 EStG sowie die Tarifermäßigung des § 34 Abs. 1 bzw. Abs. 3 EStG in Anspruch genommen werden kann.
Dies gilt auch bei einer zeitnahen Veräußerung der 100 %igen Beteiligung an mehrere Erwerber. Gleiches gilt im Falle einer teilweisen Veräußerung verbunden mit einer teilweisen Entnahme von Anteilen ins Privatvermögen.
7.2 Personengesellschaft
Die Ausführungen zu einer Beteiligung im Betriebsvermögen eines Einzelunternehmens gelten für Anteile an einer Kapitalgesellschaft im Betriebsvermögen einer Personengesellschaft analog. Dabei ist es unerheblich, ob die Anteile dem Gesamthands- oder dem Sonderbetriebsvermögen zuzurechnen sind.
Durch die Zuordnung zum Betriebsvermögen führt die Veräußerung der Anteile als betrieblicher Vorgang zu einem laufenden Gewinn oder Verlust. Dies gilt unabhängig davon, wie lange die Anteile gehalten worden sind bzw. welchen Beteiligungsumfang die Anteile aufweisen.
Der Veräußerungsgewinn unterliegt dem Teileinkünfteverfahren (bis 2008: dem Halbeinkünfteverfahren), sodass ein Gewinn zu 60 % in den steuerlichen Gewinn aus Gewerbebetrieb einfließt.
7.3 Kapitalgesellschaft
Gehören die Anteile an einer Kapitalgesellschaft zum Betriebsvermögen einer Kapitalgesellschaft, ist auch hierdurch eine Besteuerung sichergestellt. Für § 17 EStG ist – unabhängig von der Höhe der Beteiligung – insoweit "kein Bedarf".
Der laufende Veräußerungsgewinn ist nach § 8b Abs. 2 KStG steuerfrei. Jedoch gelten nach § 8b Abs. 3 KStG pauschal 5 % des Gewinns als nicht abziehbare Betriebsausgaben; es ergibt sich damit faktisch eine Steuerfreiheit von nur 95 %.
Wird hingegen ein Verlust aus der Veräußerung der Anteile oder einer Auflösung der Kapitalgesellschaft erzielt, ist dieser in vollem Umfang bei der Einkommensermittlung der Körperschaft wieder hinzuzurechnen.