Art. 13 DBA Österreich/Deutschland unterscheidet bei der Veräußerung von Anteilen an Kapitalgesellschaften zwischen Gesellschaften, deren Aktivvermögen überwiegend aus unbeweglichem Vermögen besteht, und anderen Gesellschaften. Die Höhe des Aktivvermögens orientiert sich nach Nr. 4 des Protokolls zum DBA Österreich/Deutschland vom 24.8.2000 an der letzten, vor der Veräußerung der Aktien und sonstigen Anteile zu erstellenden Handelsbilanz. Nach Art. 13 Abs. 2 DBA Österreich/Deutschland können Gewinne aus der Veräußerung von Anteilen an "grundbesitzenden" Gesellschaften in dem Vertragsstaat besteuert werden, in dem das unbewegliche Vermögen belegen ist. Gewinne aus der Veräußerung von Anteilen an anderen Gesellschaften sind dagegen nach Art. 13 Abs. 5 DBA Österreich/Deutschland im Ansässigkeitsstaat des Veräußerers zu besteuern.
Art. 13 Abs. 6 DBA Österreich/Deutschland stellt dahingehend eine lex specialis dar, die den Grundsatz der Besteuerung im Wohnsitzstaat des Veräußerers durchbricht. War eine natürliche Person während mindestens fünf Jahren im Vertragsstaat (A) ansässig und wurde sie anschließend im Vertragsstaat (B) ansässig, kann der Vertragsstaat (A) den bis zum Wegzug in Gesellschaftsanteilen entstandenen Vermögenszuwachs besteuern. Demnach steht Deutschland bei einer tatsächlichen Veräußerung von Anteilen, die nicht unter Art. 13 Abs. 2 oder Abs. 6 DBA Österreich/Deutschland fallen, nach dem Wegzug kein Besteuerungsrecht mehr zu. Vielmehr liegt es nach Art. 13 Abs. 5 DBA Österreich/Deutschland bei Österreich als Wohnsitzstaat des Veräußerers.
Fällt das Besteuerungsrecht Deutschland zu, unterliegt der Veräußerungsgewinn der Einkommensteuer nach §§ 1 Abs. 4, 49 Abs. 1 Nr. 2 Buchst. e, 17 EStG. Voraussetzung für die Ausübung des Besteuerungsrechts ist hierbei, dass die betreffende Kapitalgesellschaft ihren Sitz oder ihre Geschäftsleitung in Deutschland hat und der Emigrant zumindest zu 1 % an der Gesellschaft beteiligt ist. Im Fall des Wegzüglers nach Österreich wird das Besteuerungsrecht Deutschlands aktuell, wenn er Anteile an einer Kapitalgesellschaft mit überwiegend in Deutschland belegenem Grundbesitz veräußert, die Sitz- oder Geschäftsleitung in Deutschland hat und an der er zumindest 1 % beteiligt ist. Österreich mildert eine etwaige Doppelbesteuerung durch die Anwendung der Anrechnungsmethode. Das bedeutet, dass die Veräußerung der österreichischen Steuer unterzogen wird, jedoch die deutsche Steuer auf die österreichische angerechnet wird (Art. 23 Abs. 2 DBA Österreich/Deutschland).
Liegt das Besteuerungsrecht demgegenüber bei Österreich, kommt bei einem Veräußerungsgewinn der besondere Steuersatz i.H.v. 27,5 % zur Anwendung. Insofern es sich bspw. um Aktien auf einem österreichischen Depot handelt, wird die Kapitalertragsteuer von der depotführenden Stelle einbehalten; der Veräußerungsgewinn ist somit endbesteuert.