Der BFH urteilte ferner, dass das Finanzamt die Begünstigung hinsichtlich der Überführung von Wirtschaftsgütern innerhalb des zweijährigen Betrachtungszeitraums in das Betriebsvermögen der übernehmenden Muttergesellschaft im Rahmen der Verschmelzung ebenfalls zu Recht versagt habe. Die Wirtschaftsgüter seien vor der Verschmelzung gemäß § 13b Abs. 2 S. 3 ErbStG a.F. der übertragenden Gesellschaft zuzurechnen gewesen und nicht der übernehmenden Gesellschaft. Ein Durchgriff habe nicht stattgefunden. Dabei sei auch nicht entscheidend, dass die Personengesellschaft als übernehmende Rechtsträgerin die Anteile an der aufwärtsverschmolzenen Kapitalgesellschaft zu 100 % im Betriebsvermögen gehalten habe. Somit widersprach der BFH der von der Klägerin bereits vor dem FG Köln vorgebrachten Argumentation, dass die streitigen Wirtschaftsgüter schon vor der Verschmelzung der Mutterpersonengesellschaft als "Betrieb" i.S.v. § 13b Abs. 2 S. 3 ErbStG a.F. zuzurechnen gewesen seien, indem sie sich im Gesamthandsvermögen der KG befunden und als Mitunternehmerteil der übernehmenden Gesellschaft dargestellt hätten. Denn nach Ausführungen des BFH erlaube der § 39 AO eine abweichende Zurechnung von Wirtschaftsgütern lediglich in Fällen des wirtschaftlichen Eigentums nach § 39 Abs. 2 Nr. 1 AO oder in Fällen der gesamthänderischen Rechtszuständigkeit gemäß § 39 Abs. 2 Nr. 2 AO, sofern eine getrennte Zurechnung für die Besteuerung erforderlich sei. Letzteres gelte jedoch nicht bei Kapitalgesellschaften, wie im vorliegenden Fall in Bezug auf die aufwärtsverschmolzene Tochterkapitalgesellschaft. Somit bestätigte der Senat zugleich die Ansicht der Vorinstanz, wonach sich bereits aus dem in der Überschrift des zweiten Teils des UmwStG gewählten Wort "Vermögensübergang […]" und der Wortwahl der nachfolgenden Vorschriften "übergehende Wirtschaftsgüter" bzw. "übertragende Körperschaft" ergebe, dass eine Verschmelzung einen Vermögensübergang und somit eine Änderung der Betriebszugehörigkeit mit sich bringe. Gleichzeitig lehnte der BFH die Auffassung der Klägerin ab, dass die Begünstigung nicht zivilrechtlich, sondern ertragsteuerlich und konzernbezogen zu verstehen sei, um u.a. positiven und negativen Kaskadeneffekten vorzubeugen. Ferner lasse nach Ansicht des Senats der Wortlaut des §§ 13a, 13b ErbStG a.F. kein anderweitiges Verständnis zu. Vielmehr sei aus § 13b Abs. 2 S. 2 Nr. 3 ErbStG a.F. abzuleiten, dass gerade kein Zurechnungsdurchgriff zu erfolgen habe. Dieser Regelung zufolge würden die Beteiligungen an bestimmten Gesellschaften zum Verwaltungsvermögen eines Unternehmens gehören, wenn das Verwaltungsvermögen bei diesen Gesellschaften bei mehr als 50 % liege. Aus dieser gesetzlichen Regelung folge, dass es zwingend notwendig sei, die Wirtschaftsgüter bei der Ermittlung des Verwaltungsvermögens den Gesellschaftern auf der jeweiligen Beteiligungsstufe zuzurechnen, auf der sie auch im Rahmen der steuerlichen Gewinnermittlung berücksichtigt werden.
Ebenso wenig führe die Argumentation mit § 4 Abs. 2 S. 3 UmwStG zu einer Anrechnung der Vorbesitzzeit auf Ebene der übernehmenden Personengesellschaft. Dagegen spreche zum einen der Geltungsbereich des § 4 Abs. 2 S. 3 UmwStG selbst, der sich aus der Überschrift ergebend auf die Gewinnauswirkungen der übernehmenden Personengesellschaft begrenze. Unabhängig von der Frage, ob eine Regelung des UmwStG in Zusammenhang mit §§ 13a, 13b ErbStG a.F. dem Grunde nach Anwendung finden könne, stehe zum anderen die Regelung des § 13b Abs. 2 S. 3 ErbStG a.F. der Anwendung des § 4 Abs. 2 S. 3 UmwStG entgegen. Bei einer Aufwärtsverschmelzung erfolge auf Ebene des übernehmenden Rechtsträgers ein Aktivtausch, in dem die Beteiligung an der verschmolzenen Gesellschaft mit denen ihr zugerechneten Wirtschaftsgütern ersetzt werde. Wie vom Gericht in gleichem Urteil entschieden, sei der Aktivtausch von Wirtschaftsgütern begünstigungsschädlich. Es bestehe auch kein Anlass, davon eine Ausnahme zu machen, weil es sich bei dem hergegebenen Wirtschaftsgut um eine Beteiligung handelt. Somit lief die Argumentation der Klägerin, dass das Konzept der Gesamtrechtsnachfolge die Anrechnung der Vorbesitzzeit zur Folge habe, ins Leere. Für den Urteilssachverhalt bestätigte der BFH somit, dass die Vorbesitzzeiten der verschmolzenen Tochtergesellschaften auf Ebene des übernehmenden Rechtsträgers keine Berücksichtigung finden. Mithin waren die Wirtschaftsgüter bei Erfüllung der weiteren Voraussetzungen als junges Verwaltungsvermögen zu qualifizieren und im Ergebnis nicht gem. § 13b Abs. 2 S. 3 ErbStG a.F. zu begünstigen.