Die Klägerin schloss am 10.12.2009 als Käufer einen notariell beurkundeten Vertrag (UR-Nr. "001/2009" des Notars "C" in "F-Stadt") mit der Grundstücksverwaltung Stadt "F-Stadt" GmbH (Verkäufer zu 1) und der Stadt "F-Stadt" (Verkäufer zu 2). Die Stadt "F-Stadt" war Eigentümer des Grundstücks Flur "1", Flurst. "1", das mit einem Erbbaurecht für die Grundstücksverwaltung Stadt "F-Stadt" und einer beschränkten persönlichen Dienstbarkeit für die "W-AG" belastet war. Die Grundstücksverwaltung Stadt "F-Stadt" GmbH war eingetragener Alleinberechtigter des Erbbaurechts an dem Grundstück "1", Flurst. "1", das in Abteilung II des Erbbaugrundbuchs belastet war mit einer beschränkten persönlichen Dienstbarkeit für die "W-AG", einer Reallast (Erbbauzins) von 400.000 DM jährlich für den jeweiligen Eigentümer des belasteten Grundstücks und einer Vormerkung zur Sicherung des Anspruchs auf Erhöhung des Erbbauzinses und in Abteilung III mit einer Grundschuld von 1,6 Mio. EUR für die "T-Bank" "F-Stadt". Gemäß § 2 Abs. 1 des Vertrags veräußerte die Stadt "F-Stadt" der Klägerin das Grundstück Flur "1", Flurst. "1" mit allen Rechten, Pflichten und wesentlichen Bestandteilen. Nach § 2 Abs. 2 des Vertrags verkaufte die Grundstücksverwaltung Stadt "F-Stadt" GmbH der Klägerin das in § 1 Ziffer 4 des Vertrags aufgeführte Erbbaurecht mit allen damit verbundenen Rechten, Pflichten, Bestandteilen und aufstehenden Baulichkeiten zur Alleinberechtigung. Die Stadt "F-Stadt" erteilte dazu ihre Zustimmung. Die in Abteilung II der jeweiligen Grundbücher eingetragenen Belastungen wurden von der Klägerin kaufpreisneutral übernommen. Nach § 3 des Vertrags betrug der Gesamtkaufpreis insgesamt 20.500.000 EUR und teilte sich auf in 6.820.000 EUR für das Grundstück und 13.680.000 EUR für das Erbbaurecht. Der Kaufpreis Erbbaurecht war zunächst dazu bestimmt, das in Abteilung III des Erbbaugrundbuchs eingetragene Grundpfandrecht abzulösen. In § 11 des Vertrags erklärte der Käufer aufschiebend bedingt durch eine Eintragung als Eigentümer des Kaufgegenstands in das Grundstücksgrundbuch und seine Eintragung als Berechtigter in das Erbbaugrundbuch die Aufgabe des Erbbaurechts und die Zustimmung zur Aufhebung des Erbbaurechts; zugleich beantragte und bewilligte er die Löschung des Erbbaurechts aus dem Erbbaugrundbuch.
Mit Bescheid vom 28.12.2009 setzte der Beklagte Grunderwerbsteuer iHv 326.593 EUR nach einer Bemessungsgrundlage von 6.820.000 EUR (Kaufpreis) zuzüglich sonstiger Leistungen (Erbbauzins) in Höhe von 2.511.252 EUR (Jahreswert 204.516 EUR x Vervielfältiger 12,279) fest. Als Sachverhalt, der der Besteuerung unterworfen wurde, wurde im Bescheid angegeben "Kaufvertrag "001/09" vom 10.12.2009". Des Weiteren erging ein Grunderwerbsteuerbescheid über 390.906 EUR.
Gegen die Bescheide legte die Klägerin Einspruch ein. Aus der Bemessungsgrundlage gehe hervor, dass in den Grunderwerbsteuerbescheiden vom 28.12.2009 die Kaufpreise für Erbbaurecht und Grundstück vertauscht worden seien bzw. der Abzug des Barwerts des Erbbaurechts beim falschen Bescheid vorgenommen worden sei. Der jährliche Erbbauzins betrage derzeit 399.580 EUR statt 204.516 EUR. Der Erwerb des Grundstücks sei schuldrechtlich und dinglich vor dem des Erbbaurechts erfolgt. Wenn der Erwerber des Erbbaurechts auch Eigentümer des Grundstücks sei, bestimme sich die grunderwerbsteuerliche Bemessungsgrundlage ausschließlich nach dem Kaufpreis. Der Kapitalwert des Erbbauzinssatzanspruchs erhöhe die Bemessungsgrundlage nicht, denn der Erbbauzins führe zu keiner Leistungspflicht gegenüber einer anderen Person. Es werde keine Verpflichtung übernommen und keine Gegenleistung gewährt (BFH BStBl II 2008, 486).
Am 19.4.2010 änderte der Beklagte die Grunderwerbsteuerbescheide vom 28.12.2009 nach § 164 Abs. 2 AO. Er setzte für den Erwerb des mit dem Erbbaurecht belasteten Grundstücks die Steuer auf 238.700 EUR fest. Als Sachverhalt, der der Besteuerung unterworfen wurde, gab der Beklagte an "Kaufvertrag; Erwerb des Erbbaugrundstücks Grundbuch von "F-Stadt" Blatt "0002" lfd. Nr. 1 vom 10.12.2009. Bemessungsgrundlage war der Kaufpreis von 6.820.000 EUR. Außerdem setzte er am 19.4.2010 für den Erwerb des Erbbaurechts die Grunderwerbsteuer auf 478.800 EUR fest. "
Gegen den Bescheid bezüglich des Grundstückserwerbs legte die Klägerin erneut Einspruch ein. Der Bescheid sei rechtswidrig, soweit die Steuer den Betrag von 66.974 EUR übersteige. Der Erbbauzinsanspruch sei kein Bestandteil des Grundstücks. Es handle sich dabei um eine reine Geldforderung. Bei Erwerb eines erbbaubelasteten Grundstücks sei daher der auf den Erbbauzins entfallende Kaufpreisanteil nicht als Gegenleistung zu erfassen. Aus Vereinfachungsgründen könne der Wert der Gesamtgegenleistung um den Kapitalwert des Rechts auf Erbbauzins gekürzt werden. Unter Zugrundelegung eines Kapitalwerts in Höhe von 4.906.442,82 EUR (399.580 EUR Erbbauzins x Vervielfältiger 12,279) entfalle als steuerpflichtige Gegenleistung auf den Grundstückserwerb ein Kaufpreis von ...