Die Einnahmen, mit denen die Werbungskosten wirtschaftlich zusammenhängen, müssen steuerbar sein. Soweit Ausgaben mit steuerfreien Einnahmen in unmittelbarem wirtschaftlichem Zusammenhang stehen, dürfen sie nicht als Werbungskosten abgezogen werden. Das gilt z. B. auch bei steuerfreien Stipendienleistungen und beruflich veranlassten Fortbildungsaufwendungen. Hierdurch soll eine doppelte Begünstigung desselben Sachverhalts durch die Steuerfreistellung von Bezügen einerseits, den Werbungskostenabzug andererseits vermieden werden. Das Verbot der Abzugsfähigkeit von Werbungskosten, die durch steuerfreie Auslandseinkünfte veranlasst sind, sowie von vorweggenommenen Werbungskosten, die auf steuerfreie Auslandseinkünfte zielen, gem. § 3c EStG, ist mit dem Gemeinschaftsrecht vereinbar.
Lässt sich nicht eindeutig feststellen, dass die Werbungskosten allein durch die Tätigkeit zur Erzielung steuerfreier Einkünfte veranlasst sind, sind die Werbungskosten auf die steuerfreien und die steuerpflichtigen Einkünfte aufzuteilen. Die Werbungskosten sind den steuerfreien Einkünften in dem Verhältnis zuzuordnen, in dem die steuerfreien Einnahmen zu den gesamten Einnahmen stehen, die der Steuerpflichtige im Zeitraum der betreffenden Tätigkeit bezogen hat. Die Anwendung des § 3c EStG setzt eine konkrete Zuordenbarkeit von Bezügen und Aufwendungen voraus. Einnahmen und Ausgaben müssen durch dasselbe Ereignis veranlasst sein. Führt z. B. ein Arbeitnehmer in dem Zeitraum, für den er Insolvenzgeld erhält, Fahrten zwischen Wohnung und erster Tätigkeitsstätte durch, sind die Aufwendungen gem. § 9 Abs. 1 Satz 3 Nr. 4 EStG als Werbungskosten bei den Einkünften aus nichtselbstständiger Arbeit abziehbar. Zwischen den fraglichen Aufwendungen und dem Insolvenzgeld besteht kein unmittelbarer wirtschaftlicher Zusammenhang i. S. v. § 3c EStG. Denn das Insolvenzgeld erhält der Arbeitnehmer nicht für die Erbringung seiner Dienstleistung, sondern wegen der Zahlungsunfähigkeit seines Arbeitgebers. Deshalb steht der steuerliche Bezug des Insolvenzgelds dem Werbungskostenabzug für die Fahrtaufwendungen nicht entgegen. Dies gilt auch für den Abzug der beförderungsmittelunabhängigen Entfernungspauschale.
Bei in Altersteilzeit befindlichen Arbeitnehmern sind die Werbungskosten nicht nach Maßgabe des § 3c EStG zu kürzen.
Die Aufwendungen verlieren nicht dadurch den Charakter von Werbungskosten, dass aus einer Einkunftsquelle vorübergehend, z. B. während der Renovierung eines Gebäudes, keine Einnahmen aus Vermietung und Verpachtung erzielt werden. Voraussetzung ist jedoch, dass die Einkünfteerzielungsabsicht fortbesteht.
Der Arbeitnehmeranteil zur Winterbeschäftigungsumlage im Baugewerbe wird als Werbungskosten anerkannt, obwohl die späteren Leistungen (Wintergeld) steuerfrei sind und nicht dem Progressionsvorbehalt unterliegen.