Der besondere Kündigungsschutz (§ 18 BErzGG) soll die Wahlfreiheit des Arbeitnehmers zwischen Arbeit und Betreuung schaffen und die ständige Betreuung des Kindes in der ersten Lebensphase fördern. Der Kündigungsschutz beginnt bereits mit der Geltendmachung der Elternzeit, jedoch längstens sechs Wochen vor dem Urlaubsantritt. Der Kündigungsschutz bezieht sich auch auf das Teilzeitarbeitsverhältnis, sofern der Berechtigte aufgrund Veränderung des Arbeitsverhältnisses während der Elternzeit in einer Teilzeitbeschäftigung bei seinem Arbeitgeber steht. Das Gleiche gilt, sofern keine Elternzeit angetreten wurde, aber schon immer eineTeilzeitbeschäftigung vorlag, die Anspruch auf Erziehungsgeld gibt bzw. gäbe, jedoch wegen Überschreitung der Einkommensgrenzen kein Erziehungsgeld gewährt wird.
Alle Arbeitnehmer in Teilzeit zwischen 15 bis 30 Wochenstunden erhalten für maximal zwei Jahre nach der Geburt/Adoption eines Kindes den Sonderkündigungsschutz nach § 18 BErzGG, egal ob männlich oder weiblich und unabhängig von einer Veränderung ihrer Arbeitszeit. Im Fall der Budgetierung des Erziehungsgelds besteht der Sonderkündigungsschutz maximal ein Jahr.
Auch für ein erst nach der Geburt begründetes Teilzeitarbeitsverhältnis gilt der Sonderkündigungsschutz des § 18 Abs. 2 Nr. 2 BErzGG. Das gilt zumindest dann, wenn nicht gleichzeitig bei einem anderen Arbeitgeber Elternzeit in Anspruch genommen wird.
Will der Arbeitgeber trotz des Kündigungsschutzes eine Kündigung aussprechen, so muss er die Zulässigkeitserklärung durch die zuständige Landesbehörde einholen. Die Zulässigkeitserklärung ist ausnahmsweise in besonderen Fällen (beispielsweise bei einer Betriebsschließung, einer Gefahr für die wirtschaftliche Existenz des Betriebes oder bei besonders schweren Verstößen des Arbeitnehmers) zu erteilen (vgl. die Allgemeinen Verwaltungsvorschriften zum Kündigungsschutz beim Erziehungsurlaub im Anhang).
Der Arbeitnehmer kann das Arbeitsverhältnis unter Einhaltung einer dreimonatigen Kündigungsfrist zum Ende der Elternzeit kündigen. Diese besondere gesetzliche Kündigungsregelung geht jeder anderen für das Arbeitsverhältnis geltenden Kündigungsfrist vor. Eine Wiedereinstellungsvorschrift hinsichtlich eines zum Ende der Elternzeit beendeten Arbeitsverhältnisses, vergleichbar der Regelung des § 10 Abs. 2 MuSchG, enthält das BErzGG nicht.